Эти выводы признали не все, среди несогласных было и руководство Русской православной церкви. Решение Государственной комиссии по изучению вопросов, связанных с исследованием и перезахоронением останков российского императора Николая II и членов его семьи, было отложено на два года. Происходили странные истории; например, вдова племянника Николая II Тихона Куликовского предоставила генетикам образцы крови мужа, а затем запретила публиковать полученные результаты и заявила, что генотип её мужа не имеет ничего общего с генотипом предполагаемого бывшего императора, тогда как исследование крови Куликовского подтверждало близкое родство Куликовского и человека, чьи останки обнаружены под Екатеринбургом.

В начале 1998 года комиссия завершила работу, и 27 февраля правительство России приняло решение похоронить останки бывшего царя и его семьи в Екатерининском приделе Петропавловского собора Санкт-Петербурга. Накануне в Свято-Даниловом монастыре было принято определение по докладу члена Государственной комиссии митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия:

«По имевшемся суждении Постановили: 1. Принять к сведению информацию о решениях Государственной Комиссии по изучению вопросов, связанных с исследованием и перезахоронением останков Российского Императора Николая II и членов его семьи, от 30 января 1998 года. 2. Оценка достоверности научных и следственных заключений, равно как и свидетельство об их незыблемости или неопровержимости, не входит в компетенцию Церкви. Научная и историческая ответственность за принятые в ходе следствия и изучения выводы относительно “екатеринбургских останков” полностью ложится на Республиканский центр судебно-медицинских исследований Минздрава России и Генеральной прокуратуры Российской Федерации. 3. Решение Государственной Комиссии об идентификации найденных под Екатеринбургом останков как принадлежащих семье Императора Николая II вызвало серьёзные сомнения и даже противостояния в Церкви и в обществе. Вместе с тем, есть основания считать, что обнаруженные останки принадлежат жертвам богоборческой власти. Известно, что многие из таких жертв были мучениками, исповедниками и страстотерпцами, которые ныне нашей Церковью причисляются к лику святых по мере установления их личностей, биографий и обретения соответствующих житийных материалов. Затянувшаяся процедура криминалистической экспертизы привела к тому, что “екатеринбургские останки” остаются без христианского погребения в течение недопустимо долгого времени. 4. В связи с этим Священный Синод высказывается в пользу безотлагательного погребения этих останков в символической могиле-памятнике. Когда будут сняты все сомнения относительно “екатеринбургских останков” и исчезнут основания для смущения и противостояния в обществе, следует вернуться к окончательному решению вопроса о месте их захоронения...»82