Группа Я.Б. Зельдовича разрабатывала конструкцию первой А-бомбы, именно за неё будущий трижды Герой Соцтруда получит свою первую звезду. Тем не менее в апреле 1948 г. уполномоченному Совета министров СССР А. Бабкину было поручено проверить всех сотрудников Института химической физики АН СССР «на благонадёжность». А именно в этом институте числились Харитон и Зельдович, и многие другие учёные, выполнявшие «специальные работы по тематике Первого главного управления».

Бабкин начал знакомиться с личными делами сотрудников и был потрясён своим открытием: «При проверке выяснилась засорённость и концентрация большого количества лиц, скомпрометированных в политическом отношении».

15 научных сотрудников, по мнению Бабкина, представляют особую опасность. Среди них: «№ 11. Зельдович Яков Борисович 1914 г. рождения, нач. теоретического отдела. Родители его матери и сестра матери живут в Париже. Сестра отца, Фрумкина Р. Н., в 1936 г. арестована. В настоящее время Зельдович категорически отказывается работать в институте и добился зачисления в штат лаборатории Ю. Харитона. Допуск № 1515/8068 от 18.11.1946 года».

Уполномоченный СМ СССР был глубоко убеждён: им найдено «гнездо потенциальных шпионов и предателей», так как у них была не только «сомнительная» национальность, но и глубокие связи на Западе. В своём письме «наверх» (а точнее, традиционном для того времени доносе) Бабкин не мог удержаться, чтобы не высказать своё мнение и о руководителях института, хотя ему было поручено проверить только рядовых научных сотрудников: «Кроме перечисленных лиц, как Вам известно, в институте работают заведующими лабораториями Лейпунский Овсей Ильич, имеющий в Америке родных отца. Брат Лейпунского был арестован органами НКВД, и (…) – быв. активный троцкист, осужденный в 1936 г. и прибывший из заключения в 1943 г.».

Бабкин был уверен: ему удалось раскрыть преступную группу, допускать к секретным работам никого из них нельзя… Он не сомневался, что будут приняты какие-то меры против этих научных сотрудников.

Однако ничего не произошло. А письмо Бабкина подшито «в дело». Оно тайно будет храниться в документах «Атомного проекта СССР» почти полвека. Ни Зельдович, ни Лейпунский, ни их коллеги по институту так и не узнают об этом письме, которое могло сыграть свою роковую роль, если бы в августе 1949-го испытания первой атомной бомбы закончились неудачей.

Впрочем, Яков Борисович Зельдович прекрасно понимал, какую цену ему приходится платить за свою причастность к «Атомному проекту». Прежде всего это было испытание молчанием. И лишь однажды он как бы невзначай заметил: «Меня поразила трава. Была удивительная тишина, и вдруг я вижу, как трава легла – это пришла ударная волна. Тишина и поникшая трава – главное впечатление от ядерного взрыва…». Остаётся лишь догадываться, какие кошмары могли мучить этого гения по ночам, при условии, что он, как никто другой, понимал, чем грозит человечеству атомная бомба. И только спустя много лет в документах «Атомного проекта СССР» была найдена записка Якова Борисовича о событиях августа 1949 г., когда была взорвана наша первая атомная бомба. Написана она от руки в единственном экземпляре: «В момент «Ч» была видна яркая вспышка в виде конуса, опирающегося на землю; через полсекунды свет был закрыт клубами пыли или дыма; ещё через 1 секунду сквозь поднимающиеся клубы дыма вырвался ещё один большой язык пламени неправильной формы. После этого мной были сняты очки; без очков отчётливо наблюдался широкий столб дыма, который, клубясь, поднимался вверх и вскоре достиг и пересёк облака; позже этот столб начал медленно сдвигаться под влиянием ветра, а на земле начались пожары».