Жизнь заключённых проходила теперь только внутри школьной ограды. Елизавета Фёдоровна по-прежнему молилась, рукодельничала, работала в огороде. Питание стало ещё скуднее, однако А. С. Кривова смогла через знакомых кое-что покупать на рынке и хранить провизию в соседних домах. Каким-то удивительным образом из Екатеринбурга запас продовольствия привезла Екатерина Янышева, но в здание школы её не пустили, а продукты конфисковали. У арестованных отобрали все личные вещи, в том числе одежду и обувь, оставив лишь то, что было надето и по две пары нательного белья. Почему-то изъяли подушки и одеяла. Сергей Михайлович попытался протестовать — как старший по званию, Великий князь обычно выступал от имени всех заключённых. Единственное, чего удалось добиться, стало возвращение необходимых ему лекарств. Охранники сделались угрюмее, жёстче, прекратили всякие разговоры. Когда на дежурство заступали австрийцы из бывших военнопленных, начинались грубости, придирки, дополнительные обыски.

В ночь с 16 на 17 июля в подвале Ипатьевского дома была убита Царская семья — император Николай Александрович, императрица Александра Фёдоровна, цесаревич Алексей, великие княжны Ольга, Татьяна, Мария и Анастасия. Вместе с ними погибли их верные слуги. Но кровавое злодеяние, совершенное в Екатеринбурге, являлось по плану организаторов лишь первой частью Трагедии, разыгравшейся на Урале. Вторую, не менее страшную и циничную, предстояло исполнить в Алапаевске, где уже тщательно готовилась поистине дьявольская мистерия.

На двенадцатой версте от города по направлению к Верхней Синячихе находилась заброшенная шахта Нижне-Селимского железного рудника. Расположенная на границе участка (меже), а потому названная «Межной», она не действовала более десяти лет и была частично затоплена. В ней, относительно неглубокой (около шестнадцати метров), имелись, как и положено, площадки-перестилы, местами разрушенные и заваленные брёвнами. Это мрачное место и выбрали для расправы над узниками Напольной школы. Одновременно с целью скрыть следы преступления подготовили безобразную инсценировку их побега.

В полдень 17 июля охрану в школе сменили на рабочих-большевиков. У заключённых отобрали последние ценности: кольца, часы... Личного досмотра не проводилось, что позволило мученикам сохранить на себе крестики, образки, ладанки и медальоны. Всем приказали готовиться к ночному переезду. В 23 часа к зданию подкатили с десяток повозок — двухколёсных «коробков» — предназначенных для арестантов и конвоя. Прибыли представители местных Советов — нервничали, заставляли всех поторапливаться. Елизавета Фёдоровна, надевшая тёмную юбку, белую блузку и светлую кофточку, была готова. Ещё до появления конвоиров она успела спрятать под одеждой своё главное сокровище, икону Нерукотворного Спаса, обёрнутую в бумагу и висящую на шее на шнурке. Великая княгиня взяла её в Москве, бережно затем храня и укрывая при многочисленных обысках.