На первых порах режим содержания был лояльным. Заключённым разрешалось выходить на улицу и посещать службы в находившейся неподалёку Екатерининской церкви. Местные жители смогли даже поднести Великой княгине хлеб-соль на рушнике с вышитой надписью «Матушка Великая Княгиня Елизавета Фёдоровна, не откажись принять по старому русскому обычаю хлеб-соль от верных слуг Царя и Отечества, крестьян Нейво-Алапаевской волости Верхотурского уезда». Днём работали в садике. Мужчины вскапывали огородные грядки, женщины сажали овощи, цветы и деревца. Опыт, полученный Елизаветой Фёдоровной в Ильинском и в Марфо-Мариинской обители, пригодился и здесь. Оставшееся время они проводила за молитвами и за рисованием. В четыре часа приглашённая кухарка А. С. Кривова подавала чай, а к семи готовила обед. Великая княгиня продолжала питаться отдельно, по собственному рациону, остальные обедали у Сергея Михайловича. Вечером все собирались на общую молитву в комнате Елизаветы Фёдоровны; читала либо она сама, либо князь Иоанн Константинович. Приставленная охрана вела себя по-разному. Кто-то грубее, кто-то (больше из местных) мягче, сочувственно.

Через месяц, по решению сверху, началось жестокое уничтожение Императорской Фамилии. В ночь с 12 на 13 июня возле Перми вместе со своим секретарём был расстрелян Великий князь Михаил Александрович. Власти объявили его «сбежавшим», на основании чего резко ужесточили режим содержания алапаевских узников. Но накануне введения против них ограничительных санкций княгиня Елена Петровна попробовала временно съездить в Петроград, чтобы проведать оставшихся там детей. В Екатеринбурге её задержали. Попытка вернуться обратно ни к чему не привела, несмотря на вмешательство сербской миссии и расписку о добровольном согласии подвергнуться тюремному режиму наравне с мужем и другими Романовыми. Вместо Алапаевска арестованную княгиню перевезли в Пермь. О том, какая участь могла ждать её там, говорит зверское убийство в этом городе приближённых императрицы, графини А. В. Гендриковой и гофлектрисы (придворной чтицы) Е. А. Шнейдер, той самой, что когда-то обучала русскому языку Елизавету Фёдоровну. Наконец усилия иностранных дипломатов помогли отправить находившуюся на грани нервного срыва Елену Петровну в Москву. О судьбе оставшихся в Алапаевске родственников она узнает лишь за границей.

20 июня узникам Напольной школы объявили, что отныне они на тюремном положении. У них изъяли деньги (у Елизаветы Фёдоровны таковых не оказалось) и ценные вещи, их ограничили в передвижениях и вдобавок лишили слуг. Не подозревая о дальнейшем, Сергей Михайлович вымолил оставить при себе Фёдора Ремеза, остальных же вывезли в Екатеринбург, где Варвара Яковлева заявила о желании немедленно вернуться назад. С неё потребовали расписку, на что она заявила о готовности подписать любую бумагу, лишь бы остаться рядом с Матушкой. Её вернули в Алапаевск.