Среди тех, за кого он лично ходатайствовал, – анархисты Лев Черный (1878–1921) и Атабекян, а также лица, арестованные по делу антибольшевистского Тактического центра. Репрессии не обошли стороной и его собственную семью: в 1919 году ЧК в Ямбурге арестовала дочь Александру при легальном пересечении границы с Эстонией. Петр Алексеевич попросил управляющего делами Совнаркома Владимира Дмитриевича Бонч-Бруевича (1873–1955) помочь в освобождении Саши. Тот доложил об инциденте Ленину, и большевистский премьер-министр потребовал представить поручительства. В конце концов Александру выпустили из тюрьмы.

Он неоднократно пытался убеждать новых лидеров страны отказаться от того, что считал пагубным курсом. Еще в сентябре 1918 года Петр Алексеевич искал возможности встретиться с Лениным, чтобы открыто высказаться о жестокости и бессмысленности «красного террора». Тогда, под впечатлением развернувшегося «красного террора» и, в частности, получив письмо от жены арестованного бывшего министра Временного правительства инженера Пальчинского, своего старого друга, которому теперь угрожала казнь, Петр Алексеевич написал письмо председателю Совнаркома Ленину, прося его о встрече[1797]. Ссылаясь на опыт Великой Французской революции, он предостерегал от разрушительных последствий «красного террора» и всевластия ЧК: «В русском народе, – писал он, – большой запас творческих, построительных сил. И едва эти силы начали налаживать жизнь на новых, социалистических началах среди ужасной разрухи, внесенной войной и революцией, как обязанности полицейского сыска, возложенные на него террором, начали свою разлагающую, тлетворную работу, парализуя всякое строительство и выдвигая совершенно неспособных к нему людей. Полиция не может быть строительницей новой жизни, а между тем она становится теперь державной властью в каждом городке и деревушке. Куда это ведет Россию? К самой злостной реакции… Открыть эру „красного террора“ – значит признать бессилие революции идти далее по намеченному ею пути»[1798]. Эти контакты имели важные последствия. «Письмами к Ленину и встречами с ним Кропоткину порой удавалось спасти жизни осужденных. Есть свидетельства современников о том, что разрешение местным отделам ЧК производить расстрелы без суда и следствия (ноябрь 1918 года) было отменено Лениным под влиянием Кропоткина»[1799], – писала Н. М. Пирумова. Кроме того, по личной просьбе председателя СНК Пальчинскому был облегчен режим содержания под стражей, к нему стали гораздо чаще допускать посетителей и даже коллег по работе, приходивших по деловым вопросам[1800].