Сначала казнили духовника, вторым Афанасьева, затем Лопухина, а последним пришлось класть головы на уже окровавленную плаху. Близкому другу покойного царевича князю Щербатову смертная казнь заменена кнутом и урезанием языка и ноздрей. То же самое и по отношению к еще троим. Среди них оказался один поляк, служивший царевичу переводчиком, который вел себя трусливо и даже не захотел сам раздеться, так что были вынуждены насильно снимать с него одежду. Что касается слуг, то они приняли свою участь со смирением, и осужденные на смерть ожидали казнь молясь и ничего не говорили собравшимся зрителям.
В дело несчастного царевича были вовлечены высокие персоны, а также люди более низкого звания: Абрам Лопухин, Александр Кикин, духовники сосланной царицы и царевича Андрей и Яков Пустынные и Киевский епископ. Некоторые из старших слуг царевича лишились жизни по его вине. Собственная его мать, тетка великая княгиня Мария, генерал-лейтенант князь Долгорукий и брат его, сенатор, попали в опалу и были сосланы. Подполковник Лопухин, княгини Троекурова и Голицына и князь Щербатов наказаны кнутом и батогами, а некоторые соучастники отправлены на галеры. Авраамий Лопухин имел трех жен: первая была дочерью вице-царя князя Ромодановского, вторая – сестрой князя Куракина и третья – дочерью весьма знатного московита; она покончила жизнь самоубийством после казни мужа, оставив после себя двоих детей.
Через час после сей экзекуции царь направился в Сенат и объявил сенаторам, что, наказав по справедливости преступления против его особы и правительства, он исполнен теперь решимости совершить то же самое и по отношению к тем кровопийцам, кои обогащаются за счет общества. Была учреждена Судебная палата для вынесения чрезвычайных приговоров, каковые в Московии намного тяжелее, чем в какой-либо иной стране мира. В сию палату были призваны для ответа на обвинения: князь Меншиков, великий адмирал Апраксин, его брат сенатор, а также первоприсутствующий в Сенате князь Долгорукий и другие персоны.