Приступ случился во втором часу ночи. Лакей услышал звонок и, думая, что звонят у входной двери, пошёл открывать её. Никого не увидев, поднялся в комнату художника, увидел его лежащим поперёк кровати почти без признаков жизни. Ивану Константиновичу, вероятно, стало дурно, он попытался встать, чтобы намочить компресс, который всегда использовал при головных болях, и потерял сознание. Кончина И. К. Айвазовского была внезапной и безболезненной — он ушёл в ночь на 19 апреля (2 мая по новому стилю) 1900 года, ему было 82 года.
В завещании Иван Константинович со свойственной ему щедростью не обошёл вниманием ни родственников, ни близких людей, ни родной город. В частности, он писал: «Моё искреннее желание, чтобы здание моей картинной галереи в городе Феодосии со всеми в ней картинами, статуями и другими произведениями искусства, находящимися в этой галерее, составляли полную собственность города Феодосии, и в память обо мне, Айвазовском, завещаю галерею городу Феодосии, моему родному городу»[433].
Казалось, в церемонии прощания с почитаемым живописцем участвовал весь город. Насколько многочисленной была траурная процессия, дают представление несколько фотографий, ныне принадлежащих собранию галереи художника в его родном городе. На одной из них улица в Феодосии буквально запружена народом, и не видно конца шествию. Едва ли не все феодосийцы пришли проводить его в последний путь. Скорбная церемония в то же время вновь явилась подтверждением почитания Ивана Константиновича земляками, народом России, признанием великих заслуг этого столь достойнейшего человека.
Иван Константинович согласно его завещанию был похоронен в ограде феодосийской армянской церкви Сурб-Саркис (Святого Саркиса), в которой его крестили.
В 1903 году его вдова установила на его могиле надгробие из белого мрамора в виде саркофага. На одной стороне надгробия читается изречение историка V века Мовсеса Хоренаци, написанное на древнеармянском языке, перевод которого звучит так: «Рождённый смертным оставил по себе бессмертную память». Надпись дополнена словами на русском языке: «Профессоръ Иванъ Константиновичъ Айвазовский 1817—1900».
Анна Никитична после кончины мужа прожила ещё 44 года и ушла из жизни в Симферополе в 1944 году, во время оккупации Крымагфашистами.
Память о И. К. Айвазовском сохранялась, несмотря на все исторические потрясения XX века. Крымчане слагали легенды о нём. Одно из сказаний крымских татар рассказывает о визите к художнику разбойника Алима, приехавшего поздравить его после свадьбы. После бракосочетания Иван Константинович уехал с супругой[434] в имение Шах-Мамай, но по дороге, ночью, его карету, именно о карете говорится в легенде, остановил всадник, поздравил новобрачных и скрылся в темноте.