Уже через неделю цесаревич смог вместе с родителями посещать церковные службы и вскоре со всеми арестованными стал выходить на прогулки. Первое время караульные вели себя не просто строго, а подчеркнуто грубо с бывшим императором и его семьей. Особенно резко они обращались с Государем, кричали на него, случалось, что подталкивали прикладами винтовок, что-то дерзко запрещали, на ходу меняя правила. Алексей Николаевич по-настоящему страдал от такого обращения с отцом.

Пьер Жильяр вспоминал, что после первого посещения арестованной Царской семьи А.Ф. Керенским, рассказав учителю о подробностях этой встречи, цесаревич был глубоко уязвлен непочтительным поведением министра нового правительства. Наставник писал: «Для Алексея Николаевича удар был очень тяжел. Он еще не отдавал себе отчета в их новом положении. Он в первый раз видел, чтобы его отцу давались приказания, а он их исполнял, как подначальный».

Режим содержания арестованных установили строгий: в Александровский дворец никто из близких Царской семье людей не мог прийти без особого разрешения новых властей; как и никому из узников не разрешалось покидать дворец; запрещалось пользоваться телефоном; все письма подвергались строгой цензуре, любое послание могло быть задержано комендантом охраны без объяснения причин; на прогулки арестованных выводили сразу всех вместе в определенное время под усиленной охраной и т. д. В эти дни Пьер Жильяр писал в своем дневнике: «Каждый раз, что мы выходим, нас окружают несколько солдат с винтовками с примкнутыми штыками под командой офицера и следуют за нами по пятам. Мы – точно каторжане среди караульных. Распоряжения меняются ежедневно, – или, может быть, офицеры понимают их каждый на свой лад!»

Алексей Николаевич не был избалован общением с внешним миром – из-за приступов гемофилии все детство доктора ограничивали его свободу – и сейчас, когда, казалось, чувствовал себя лучше и проблемы связанные с его наследственной болезнью отступили, из-за ареста он оказался заперт вместе с близкими во дворце. Это было для него очень больно. Единственной радостью становились дни, когда доктор Деревенко приносил Алексею Николаевичу записки от своего сына Коли, став тайным почтальоном для двух друзей-мальчишек. Послания врач прятал в своем саквояже среди инструментов и лекарств, что очень нравилось цесаревичу, напоминало ему игру в шпионов.

В конце марта в Александровском дворце неожиданно появился боцман А.Е. Деревенько. До революционных дней верно служивший дядькой у цесаревича, он в первые же дни смуты бесследно, без объяснений исчез. Теперь матрос вел себя с цесаревичем надменно, объяснял ему, что теперь хозяином стал народ и «бывшие господа» должны сами ему прислуживать. А.А. Вырубова вспоминала, как она с удивлением и возмущением наблюдала сцену, когда Андрей Деревенько сидел, развалившись в кресле, и командным тоном приказывал Алексею Николаевичу что-то ему принести. Впрочем, на следующий день матрос снова ушел, оставив два сундука якобы своих вещей, за которыми обещал вскоре прислать. Когда сундуки открыли, то в них оказались сложены разные вещи, принадлежавшие Царской семье, в основном одежда и обувь цесаревича – у бывшего дядьки было три сына приблизительно одного возраста с Алексеем Николаевичем.