Нефедов вспоминал: «В 18 часов приходит Чубуков. Приказано закончить эвакуацию. Сколько у меня времени? — спрашиваю его. „Приказано закончить эвакуацию. Свертываем“. На рейде Оленецкий учинил очередной бедлам. Разогнал и растащил все буксиры. Только неорганизованность и партизанщина, несогласованность отдельных начальников губит дело и усложняет обстановку. Посадил на транспорта всех. Пошел взрывать крепость и взорвал ее в 21 ч. Пересел после этого на транспорт „Веронич“ и пошли к Пярну»[376].

Как и везде в первые месяцы войны, хаоса и неорганизованности хватало с излишком. «Ввиду отсутствия централизованного руководства эвакуацией, переход кораблей был организован плохо. Особенно плохо было организовано охранение на переходе. Отряд легких сил имел в охранении четыре торпедных катера, а бригада подводных лодок — два тральщика и два торпедных катера. Не была организована служба оповещения. Так, например в 2.15 29 июня дозорный эсминец „Сердитый“ обнаружил на подходе к южному входу в пролив Муху-Вяйн подводную лодку. Не зная о движении наших подводных лодок, командир дозорного корабля запросил об этом по радио командование, находившееся на крейсере „Киров“. Но адмирал сам не знал обстановки и ничего не мог ответить на запрос командира эсминца. С „Сердитого“ открыли огонь. После двух выстрелов подводная лодка дала свои „опознавательные“ сигналы — это была С-9. Огонь немедленно был прекращен, и лодка без повреждений пришла на рейд Куйвасту»[377].

Из Пярну эскадра направилась в Виртсу. Нефедов прекрасно видел все недостатки и сложности эвакуации, отметив отсутствие воли у командующего Рижской ВМБ контр-адмирала П. А. Трайнина: «У нашего „золотого козырька“ начинает проявляться воля к борьбе, он все еще мямлит и не принимает определенных решений. Действительно, как правильна мысль, изложенная в уставе „Лучше на что-нибудь решиться, чем не решаться ни на что“. Этой нерешительностью и обладает наш Трайнин»[378]. Контр-адмирал был арестован 28 июля 1941 года. Его обвинили в оставлении части имущества и в отсутствии управления во время эвакуации. По приговору Военной коллегии Верховного суда СССР его разжаловали и осудили на десять лет лишения свободы, но уже 11 сентября судимость была снята, Трайнина восстановили в звании и отправили на фронт.

В ситуации неразберихи Нефедов не боялся принимать самостоятельные решения и нести за них ответственность. Взрыв крепости в Риге и минного боезапаса базы он организовал на свой страх и риск, не дожидаясь приказа от Трайнина, и в ближайшее время подтвердилась правильность такого решения.