Екатерина не захотела полностью уступать требованиям Петра Панина. Воодушевленная оглушительной победой над Турцией и разгромом Пугачева под Казанью, она ограничила его власть до регионов, которые были непосредственно охвачены мятежом, и заявила, что следственная комиссия по-прежнему будет оставаться под ее надзором. Дальнейшие ограничения заключались для Панина в том, что вторым командующим был назначен Суворов. Панин, как и Бибиков, хотел привлечь к службе дворян из мятежных провинций. В качестве награды все привилегии дворян, включая полную власть над крепостными, гарантировались короной. Подобный метод имел результат, дворяне собрали людей, деньги и запасы продовольствия.

Во время военных действий, методы наказаний Панина мало чем отличались по жестокости от тех, что применял Пугачев. Ранее, под командованием Бибикова, армия довольно снисходительно обращалась с пленными мятежниками. После освобождения Оренбурга большинство последователей Пугачева, взятых в плен, были освобождены и вернулись домой. Большая часть пленных взятых при Казани, были отпущены, им даже выдали по пятнадцать копеек, чтобы добраться до дома. Теперь, когда бунт перешел в свою финальную стадию, а бесчинства Пугачева переместились вниз по Волге, Панин организовал жестокую расправу. 24 августа он выпустил манифест, угрожавший всем, кто принял участие в бунте, смертью посредством четвертования. Панин осознавал, что превышал полномочия, данные ему Екатериной, однако императрица была далеко, и он попросту проигнорировал ее.

Екатерина провела август в Царском Селе, с волнением следя за погромами, которые устраивал Пугачев в низовьях Волги. К концу месяца она сказала Вольтеру, что ожидает «чего-то решающего», потому что в течение десяти дней у нее не было вестей от Панина, а поскольку «дурные новости разносятся быстрее, чем добрые, я надеюсь, что произошло что-то хорошее». Войска Суворова одержали победу, и армия Пугачева начала терять численность. И все же почти до самого конца Пугачев продолжал внушать страх. 26 июля в Саранске он обедал в доме вдовы губернатора, а затем повесил ее напротив окон ее же комнаты. Дворяне были повешены около дома группами, их головы, руки и ноги были отрублены. 1 августа конный гонец объявил на рыночной площади в Пензе о приближении «Петра III» и о том, что, если его не принять традиционным хлебом и солью, все горожане, включая младенцев, будут вырезаны. Пугачева встретили радушно, двести человек оказались насильно завербованы в его ряды, дом губернатора сожжен, а самого губернатора и еще двадцать мелкопоместных дворян предварительно заперли внутри дома. В другом городе повесили местного астронома, чтобы «он был поближе к звездам».