После неожиданного появления Пугачева у Казани Екатерина знала, что еще рано успокаиваться. На совете 14 июля она заявила, что победа Румянцева на Дунае приблизила Россию к миру. А потом 21 июля, за два дня до прибытия сына Румянцева, объявившего о заключении мира с Турцией, в Санкт-Петербург пришла новость об уничтожении Казани. В то утро, когда Екатерина собрала советников, она еще не знала ни о поражении Пугачева, ни о заключении мира с Турцией. Потрясенная новостями из Казани, она прервала совещание и заявила, что намерена немедленно отбыть в Москву, чтобы восстановить там спокойствие. Ее советники молчали. Наконец, слово взял Никита Панин, заявивший, что ее неожиданный приезд может скорее взволновать людей, чем успокоить их. Было решено, что младший брат Панина, генерал Петр Панин, самый опытный из генералов, расположится со своим войском близ Москвы и при появлении Пугачева сможет принять командование.

Екатерина неохотно согласилась с этим выбором. Она признавала военные заслуги Петра Панина, но недолюбливала его лично. Он часто высказывался, что Россией должен управлять мужчина, и предпочел был видеть в качестве правителя великого князя Павла. Также Екатерине не нравилось его репутация солдафона и эксцентричные выходки: иногда он появлялся у себя в штабе в серой атласной ночной рубашке и большом французском ночном колпаке с розовыми лентами. У нее вызывала раздражение театральность его внезапной отставки, предпринятой по причине того, что он считал полученные награды неадекватными его успехам в войне с Турцией. Осенью 1773 года она распорядилась вести надзор за этим «надутым индюком». Теперь, столкнувшись с необходимостью назначить Петра Панина, она призналась своему новому фавориту Григорию Потемкину: «Перед всем миром, напуганным Пугачевым, я хвалю и возвышаю надо всеми смертными в империи первостатейного пустомелю, оскорбившего меня лично». Тем не менее Екатерина-императрица взяла верх над Екатериной-обиженной женщиной, и 22 июля Петр Панин был назначен главнокомандующим. На следующий день 23 июля новость о заключении мира с Турцией достигла Санкт-Петербурга. Екатерина была рада вдвойне: согласно Кучук-Кайнарджийскому мирному договору, ее империя приобретала обширные земли, а ее армия теперь, наконец, была свободна, чтобы противостоять Пугачеву.

Петр Панин потребовал, чтобы ему подчинялись все военные силы, которые были брошены на подавление мятежа, а также все чиновники и находившиеся на данной территории люди. Екатерина продолжала жаловаться Потемкину: «Вот видите, мой друг, что граф [Никита] Панин хочет сделать своего брата правителем с неограниченной силой в самой лучшей части империи. Если я подпишу это, то не только князь Волконский [генерал-губернатор Москвы] будет оскорблен и выставлен глупцом, но и я сама предстану перед всеми как человек, который осыпает наградами форменного лжеца, нанесшего мне личное оскорбление».