В особенности посодействовало поднятию политической температуры в третьей Думе рассмотрение бюджета. Обсуждение бюджета министром народного просвещения и военно-морского ведомства в первую же сессию сопровождалось такими выступлениями октябристских лидеров, которые показывали, что и октябристский центр не будет при случае останавливаться перед весьма едкой критикой правительственных действий.

1 января 1908 г. Кауфман был отставлен от поста министра народного просвещения и заменен Шварцем, который в противоположность своему предшественнику тотчас взял резко реакционное направление во всех частях своего ведомства. И при обсуждении бюджета этого министерства против политики Шварца горячо восстали не только с.д. и к.д., но и октябрист Анреп обрушился на Шварца с энергичной и запальчивой критикой. И еще более высокую оппозиционную ноту взял А.И. Гучков, когда дело дошло до сметы военного и военно-морского ведомства. Критикуя деятельность безответственных лиц в кругу этого ведомства, Гучков прямо называл имена нескольких великих князей как виновников непорядков и злоупотреблений, что произвело тогда очень сильную сенсацию.

Вторая сессия третьей Думы (1908–1909) ознаменовалась утверждением Указа 9 ноября 190G г., проведенного в свое время Столыпиным по 87 ст. и устанавливавшего свободный выход желающих крестьян из общины вместе с их участками общинной земли. Туг думское большинство было вполне согласно с Столыпиным и даже пошло еще дальше текста Указа 9 ноября по пути разложения земельной общины. Зато в эту же сессию разыгралась тяжелая для Столыпина история, вызвавшая большое волнение и в обществе, и во всех группах Думы. То было дело с разоблачением провокаторской службы Азефа при департаменте полиции. Левое крыло внесло запрос об этом деле председателю Совета министров. Запрос обсуждался в заседании 13 февраля 1909 г. Столыпин дал объяснения очень неудовлетворительные. Он взялся доказывать, что Азефа нельзя признать провокатором, развил при этом очень странную теорию, что провокатором является лишь тот, кто берег на себя инициативу преступления, тогда как Азеф только поддерживал преступления, начинаемые другими, и устранял препятствия для их совершения. Маклакову ничего не стоило показать неосновательность этой теории. Развернулись страстные прения, в которых принимали участие представители всех фракций. И хотя октябристы, связанные со Столыпиным, поддерживали и провели формулу, предложенную умеренно правыми, в которой запрос отклонялся и объяснения правительства признавались удовлетворительными, тем не менее в прениях ряд октябристских ораторов подобно представителям оппозиции, порицал провокаторские приемы департамента полиции.