Вскоре по подписании Унии митрополит Исидор двинулся в обратный путь. Проездом через Венецию, Будапешт, Краков, Львов, Киев, всюду утверждал Унию, сослужа с католическим духовенством.

В марте 1441 пода он прибыл в Москву. Тотчас же по прибытии 19 марта, в третье воскресение Великого поста, когда он въехал в город по обряду папского легата, то есть с преднесением латинского креста, он тотчас же проследовал в Успенский собор для богослужения. На литургии митрополит Исидор велел поминать на первом месте не имя Константинопольского патриарха, а имя папы Евгения IV. После литургии митрополит приказал своему протодьякону прочесть во всеуслышание с амвона соборный акт 5 июля 1439 года об Унии. (этот акт сохранился до наших дней на латинском, греческом и славянском языках). Затем передал Великому князю послание от папы, в котором Василий Васильевич приглашался быть усердным помощником митрополиту в деле введения Унии.

Быстрота и натиск, с какими действовал Исидор, настолько смутил князя, бояр и епископов, что они в первый момент как бы растерялись, «вси князи», говорит летописец, «умолчаша и бояре и инии мнози, еще же паче и епископы русские вси умолчаша и воздремаша и уснуша». Собравшись с духом, через три дня на четвертый Великий князь Василий Васильевич объявил Исидора еретиком и приказал арестовать его; митрополита — униата заключили в Чудовом монастыре. Собор русского духовенства, обличив ересь Исидора, увещевал его раскаяться и через то получить милость, но он оставался непреклонен. Прошли весна и лето. Князь по-прежнему был в великом затруднении: как ему быть с еретиком-митрополитом? Но последний разрубил гордиев узел: в ночь на 15 сентября он бежал из своего заключения. Великий князь приказал его не преследовать. Из Москвы Исидор побежал через Тверь к литовскому Великому князю Казимиру, а оттуда вскоре в Рим.

Москва осталась без митрополита. Избрание нового митрополита не требовало назначения «из греков», — патриарх и кесарь были униатами! Первым русским митрополитом Московским в всея Руси был выбран архиепископ Иона (1448–1461).

За несколько лет до взятия турками Константинополя, этого «Второго Рима», кесарь Константин Палеолог отверг Унию. Он пал смертью храбрых при штурме Царьграда 29 мая 1453 года. Двуглавый орел кесарей прилетел тогда в «Третий Рим» — Москву и стал, соединившись со святым Победоносцем Георгием, защитником Москвы, эмблемой русских кесарей-царей и императоров.

Как это ни парадоксально, но чистота православия сохранилась до наших дней в Греции, благодаря завоевателям туркам-мусульманам, отличавшимися полной веротерпимостью.