А отец в 77 лет решил снова жениться — на Марте Бэрд-Аллен, на 20 лет его моложе, вдове его однокурсника и друга. Талантливая музыкантша, в молодости Марта играла в Лондонском симфоническом оркестре, но бросила карьеру ради мужа. «Хотя я уже в течение какого-то времени знал, что отец встречается с Мартой, когда он спросил меня, что я об этом думаю, я не ответил ему: „Я думаю, что это будет замечательно“, — вспоминает Дэвид. — Я знал, что мать не была высокого мнения о Марте, и сказал об этом отцу, выразив сомнения относительно идеи его повторной женитьбы». Впоследствии он признавал, что это был опрометчивый поступок: отец, которому было очень одиноко, «рассчитывал на моё одобрение уже принятого им решения, а отнюдь не интересовался моим мнением. Я поставил память о матери впереди счастья отца». Явного разрыва не произошло — «внешне наши отношения оставались такими же, как и раньше: эмоционально приглушёнными, совершенно естественными и корректными». Чтобы подсластить детям пилюлю, Джон-младший учредил новую серию трастовых фондов на общую сумму свыше 61 миллиона долларов — для Марты и каждого из сыновей, чтобы те могли сделать бенефициарами своих детей. Но с этого момента отношения с отцом становились всё более отчуждёнными, и Марта этому способствовала.

День Рокфеллера-отца строился по неизменному распорядку: он вставал в семь утра, в восемь наскоро завтракал, ехал из Кайката в Нью-Йорк — в свой офис в Рокфеллеровском центре, до полудня работал, обедал, после обеда спал, снова работал, потом ехал кататься или развлекаться другим способом. По воскресеньям, после молитвы, он ждал к ужину столько детей и внуков, сколько могли приехать. Весной и осенью они с Мартой на несколько недель уезжали в Уильямсберг. Лето проводили в Сил-Харборе, зиму — в Тусоне, штат Аризона. Джон всё-таки больше походил на свою благочестивую мать, чем на склонного к экстравагантности отца: в 1952 году он купил для внуков 22 экземпляра Библии и с воодушевлением распаковывал ящик с книгами.

Его здоровье, никогда не отличавшееся крепостью, начало ухудшаться. Нельсон предложил отцу простить сыновьям долги Рокфеллеровского центра: лучше потратить эти деньги на модернизацию (например, установку кондиционеров) и строительство новых зданий. Но в этом случае Джон-младший должен был бы уплатить 26 миллионов долларов в виде налога на дарение. Тогда ему предложили передать долговые обязательства в Фонд братьев Рокфеллеров, который нуждался в постоянном капитале. Нельсон даже пригрозил подать в отставку с поста президента Рокфеллеровского центра, если отец этого не сделает. Тот подчинился, и теперь братья, по сути, выплачивали долг в 57,7 миллиона (на это уйдёт 17 лет) собственному фонду, позволяя ему накапливать капитал, и при этом стали единственными владельцами Рокфеллеровского центра, который из убыточного предприятия (потери Рокфеллера-младшего составили 110 миллионов) превращался в весьма доходное, с прибылью в пять миллионов в год.