Думе были подчинены органы центрального управления – приказы. Число их не было постоянным (от 40 до 50), системы в распределении ведомств не соблюдалось, поэтому однородные дела ведались различными приказами, и редкие приказы простирали свою деятельность на все государство. Ведомство каждого приказа создавалось довольно случайно вследствие исторически создавшейся потребности в новом органе. В основании ведомства приказа полагались поэтому разнообразные предметы управления. Одни приказы ведали во всех отношениях известную местность государства (Сибирский приказ, Костромская четь и др.); другие ведали известный разряд лиц (Приказ холопий – холопов, Стрелецкий – стрелецкое войско и т. д.); третьи, наконец, заведовали определенным родом дел (Разбойный – уголовной юстицией, приказ Большой казны – финансами, Разрядный – военными делами, Посольский – дипломатическими сношениями и т. д.). Рядом с крупными приказами (вроде упомянутых) стояли мелкие, вроде Аптекарского – ведавшего придворно-медицинскую часть, Каменного – наблюдавшего за каменными постройками. Наконец, одинаковым устройством с приказами пользовались те дворцовые учреждения, которые носили характер домашних хозяйственных контор государевой семьи (мастерские палаты, Панихидный приказ). Вся эта масса разнородных спутанных приказов тяготила уже в XVII в. московское правительство. Оно стремилось упорядочить и упростить свое центральное управление и достигало этого отчасти двумя путями: соединением однородных приказов и подчинением нескольких мелких одному крупному. При этих соединениях отдельные приказы, однако, сохранили свою особую внутреннюю организацию, и соединение имело, таким образом, внешний характер. Организация всех приказов была приблизительно одинакова. Они состояли из присутствия и канцелярии. Присутствие состояло из начальника приказа (часто члена думы) и «товарищей». Они назывались судьями и были подчиненными по отношению к начальнику, поэтому, будучи по форме коллегиальным, приказное присутствие на деле таковым не было: дела решались не большинством присутствующих, а по усмотрению старшего. В мелких приказах не было и коллегиальной формы: дела ведал один начальник, без товарища. Канцелярия состояла из подьячих под начальством дьяков; численность и тех и других зависела от размеров приказной деятельности.

В зависимости от приказов была вся волостная администрация. В XVII в. выработался, наконец, в Московском государстве однообразный тип местного управления – воеводское управление. В городах и их уездах назначаемые из московских приказов (почему местное управление и называлось приказным) воеводы совмещали в своем лице и военную, и гражданскую власть. Они являлись, как гражданская власть, и администраторами, и судьями. Все стороны местной жизни подлежали их ведению.