Петр, вызванный матерью из Преяславля в Москву летом 1689 г., начал показывать Софье свою власть. В июле он запретил Софье участвовать в крестном ходе, а когда она не послушалась, сам уехал, устроив таким образом сестре гласную неприятность. В конце июля он едва согласился на выдачу наград участникам Крымского похода и не принял московских военачальников, когда они явились к нему благодарить за награды. Когда Софья, напуганная выходками Петра, стала возбуждать стрельцов с надеждой найти в них поддержку и защиту, Петр не задумался арестовать на время стрелецкого начальника Шакловитого.

Петр или, вернее, руководившие им лица опасались стрелецкого движения в пользу Софьи. Находясь в Преображенском, они внимательно следили за положением дел и настроением стрельцов в Москве через преданных им лиц. В то же время и Софья боялась дальнейших неприятностей со стороны Петра и посылала в Преображенское своих лазутчиков. Отношения к началу августа 1689 г. стали до того натянуты, что все ждали открытого разрыва; но ни та ни другая сторона не хотели быть начинающей, зато обе старательно приготовлялись к обороне.

Разрыв произошел таким образом: 7 августа вечером Софья собрала в Кремле значительную вооруженную силу. Говорят, что ее напугал слух о том, что в ночь с 7 на 8 августа Петр с потешными явится в Москву и лишит Софью власти. Стрельцов, призванных в Кремль, волновали в пользу Софьи и против Петра несколько преданных правительнице лиц. Видя военные приготовления в Кремле, слыша зажигательные речи против Петра, приверженцы царя (в числе их были и стрельцы) дали ему знать об опасности. Но они преувеличили опасность и сообщили Петру, что на него с матерью стрельцы «идут бунтом» и замышляют на них смертное «убийство». Петр прямо с постели бросился на лошадь и с тремя провожатыми ускакал из Преображенского в Троицкую лавру. В следующие дни, начиная с 8 августа, в лавру съехались все Нарышкины, все бывшие на стороне Петра знатные и чиновные лица; явилась и вооруженная сила – потешные и Сухарев стрелецкий полк. С отъездом Петра и его двора в лавру настал открытый разрыв.

Из лавры Петр и руководящие им лица потребовали от Софьи отчета в вооружениях 7 августа и присылки депутаций от всех стрелецких полков. Не отпустив стрельцов, Софья отправила к Петру патриарха Иоакима как посредника для перемирия. Но преданный Петру патриарх не вернулся в Москву. Петр вторично потребовал представителей от стрельцов и от тяглых людей Москвы. На этот раз они явились в лавру наперекор желаниям Софьи. Видя, что сопротивляться Петру невозможно, что в стрельцах нет поддержки, Софья сама едет к Троице мириться с Петром. Но ее возвращают с дороги именем Петра и угрозой, если она приедет к Троице, обойтись с ней «нечестно». Возвратясь в Москву, Софья пробует поднять стрельцов и народ на Петра, но терпит неудачу. Стрельцы сами заставляют Софью выдать Петру Шакловитого, которого он потребовал. Лишается Софья и князя В. В. Голицына; после выдачи Шакловитого Голицын добровольно явился в лавру и ему от Петра была объявлена ссылка в Каргополь (позднее в Пинегу) за самоуправство в управлении и за нерадение в Крымском походе. Шакловитый подвергся допросу и пытке, повинился во многих умыслах против Петра в пользу Софьи, выдал много единомышленников, но не признался в умысле на жизнь Петра. С некоторыми близкими ему стрельцами он был казнен (11 сентября). Не избег казни и преданный Софье Сильвестр Медведев. Обвиненный как еретик и государственный преступник, он сперва был приговорен к ссылке, но позднее (1691), вследствие новых на него обвинений, казнен.