В конце 1780 года он стал Inquisitore Estraordinario, или адмиралом суперинтендантом Арсенала, и, таким образом, получил возможность проводить реформы, которые считал необходимым, исходя из своего опыта на море. В 1784 году он снова был назначен Capitano delle Navi, на этот раз для ведения новой войны против корсаров Туниса и правительства, их прикрывавшего. Эту задачу он успешно выполнил.
Поводом для этой войны – если для нее вообще был нужен повод – послужило сожжение на Мальте венецианского корабля, зафрахтованного тунисскими купцами в Александрии. Этот корабль прибыл на Мальту с чумой на борту и, поскольку сразу не выполнил требование немедленно выйти в море, был сожжен санитарными властями порта. Как и в 1664 году, в 1782 году действия мальтийцев втянули Венецию в войну, поскольку бей, которому было отказано в компенсации, а требование ежегодной дани проигнорировано, не счел угрозой маленькую эскадру под командованием Кверини, Patron delle Navi, объявил войну Венеции.
Эмо покинул Венецию 21 июня 1784 года на корабле «Фама» 66, в сопровождении «Форца» 70, «Пальма» 403, шебеки «Тритон», бомбардирских кораблей «Диструционе» и «Полония» и галеота «Эсплораторе». В море он вышел 27-го и добрался до Корфу месяцем позже после долгого, неспешного перехода и длительного ожидания в заливе Каттаро (Которском заливе). Там к его флоту присоединился корабль «Конкордия» 66 и шебеки «Купидон» и «Неттуно». Оставив «Тритон» в Которском заливе, венецианский флот снова вышел в море 12 августа и бросил якоря у Карфагенского мыса 1 сентября. В ночь с 3-го на 4-е венецианские лодки захватили небольшой тунисский корабль в районе Голетты, и этот приз вместе с «Форца» и «Неттуно» остался для ведения блокады, а Эмо увел остальной флот на север до мыса Фарина. Через несколько дней флот направился на Сардинию, где оставался с 14-го по 22-е. Затем 25-го он встретил «Форца» и его спутников, и, вместо того чтобы вернуться к Голетте, корабли 1 октября бросили якоря в районе города Сус.
Ненастная погода задержала операции, но с 5-го по 7-е велся постоянный обстрел города, хотя и без видимого результата. Повреждение оснований бомбометов на бомбардирских кораблях и плохая погода прервали атаку, однако она была возобновлена на некоторое время 12-го. После этого Эмо направился в Триполи, где его хорошо приняли, а бомбардирские корабли ушли в Трапани, на Сицилии, в ремонт.
Капитан «Форца», Алессандро Мора, умер в Трапани от заражения крови, ставшего следствием ранения в руку при Сусе. Корабль ненадолго пережил его. 19 ноября, когда Эмо прибыл в Трапани, «Форца» не смог войти в гавань и бросил якорь перед входом. Во время налетевшего шторма он разбился, правда, большую часть команды удалось спасти. В январе две шебеки пошли в Тунис, но «Неттуно» едва не разбился у Палермо и спасся, только срубив мачты. После этого «Купидон» вернулся в Трапани и в феврале отправился за такелажем и оснасткой для «Неттуно».