Тем временем французы 1 июля прибыли в Александрию – через два дня после британцев. Высадка началась сразу в пяти милях к югу от города – около полуночи на берег высадился и сам Бонапарт. Последовал ночной марш, и 2-го, почти не встретив сопротивления, французы заняли Александрию. Спустя два дня армия направилась к Каиру, а небольшая флотилия малых судов вошла в Розеттский рукав Нила для поддержки. 21 июля битва у пирамид завершилась захватом французами Каира и всего Нижнего Египта.

Захват Александрии дал французам порт для их транспортов и небольших судов, но не для линкоров. Представлялось весьма сомнительным, что им хватит глубины, чтобы войти в порт. В этих обстоятельствах Бонапарт предложил Бруе на выбор три варианта: войти в «старый порт» Александрии, если сможет; бросить якоря в Абукирском заливе, что в 15 милях к востоку, если там будет достаточно безопасно – в отношении и погодных условий, и противника; или, если два указанных выше варианта окажутся неосуществимыми, идти на Корфу.

Будучи уверенным в невозможности входа в Александрию и имея на борту довольно большое количество груза, который надо было доставить на берег, Бруе 7 июля в качестве временной меры перевел свои корабли в Абукирский залив. Он оставил у входа в Александрию два бывших венецианских линкора, «Дюбуа» и «Коссе», с транспортами и малыми судами. Он также оставил «Алцест» 36 для обследования порта, в надежде найти подходящий канал для больших кораблей. Но, бросив якоря в Абукирском заливе, Бруе обнаружил, что вынужден оставаться там. Припасы, и особенно пресная вода, расходовались очень быстро, а надежды пополнить их для перехода к Корфу не было.

Там французы и находились, пока Нельсон вел свои корабли на Сицилию и получал благодаря приказам из Неаполя в Сиракузах продовольствие и воду. Это не заняло много времени; 25 июля он уже снова вел свой флот в восточном направлении. Нельсон, по его собственному утверждению, двигался к Кипру, в надежде обнаружить врага у побережья Сирии. Спустя три дня, находясь в районе Корона – в Морее, он узнал, что месяцем раньше большой французский флот видели идущим от Крита на юго-восток и определенно направляющимся в Египет.

Нельсон снова поспешил туда. Утром 1 августа его ведущие корабли, «Александр» и «Свифтшур», подошли к Александрии, и снова Нельсон испытал разочарование. Экспедиция определенно прибыла, поскольку в порту было много судов, но единственными более или менее крупными военными кораблями были 2 линкора и 6 фрегатов. Остального французского флота нигде не было видно. Однако разочарование оказалось временным. Уже в 2.45 пополудни с корабля «Зилоус» поступил сигнал, что вражеский флот находится на якорной стоянке в Абукирском заливе.