Наша цель – вернуть шестеренки времени не туда, где их нашли, а в Башню времени, которую хранит Диалга. Даскнуар вновь пытается остановить исследователей, но им удается избавиться от него благодаря самоотверженности Гровайла. Затем они сталкиваются с первобытным Диалгой в Башне времени. Одолев противников, герой с напарником возвращают шестеренки времени на место. Тогда хозяин времени приходит в себя и спешит вернуть все на круги своя. На обратном пути напарник беспомощно наблюдает, как исчезает его друг-герой, когда ход времени восстанавливается. Он в одиночестве возвращается в Гильдию Вигглитафа и рассказывает всем о том, как жертвы героя и Гровайла спасли их мир. Диалга чувствует горе напарника с вершины Башни и решает вернуть героя к жизни. В ходе финального квеста с участием Палкии – легендарного покемона, контролирующего космос, – мы обнаруживаем, что за всем этим стоит Даркрай, собравшийся стать правителем погруженного во тьму мира покемонов. Именно он виноват в разрушении Башни времени.

Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Sky

В апреле 2009-го, спустя почти два года после релиза Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Shadow и Explorers of Time, в Японии вышла Explorers of Sky – третья версия с небольшими нововведениями (совсем как Pokémon Platinum, дополнившая версии Pearl и Diamond). Герой может принять форму новых покемонов в начале приключения: Вульпикса, Иви, Фанпи, Шинкса и Риолу. Вдобавок к улучшившим геймплей функциям и нюансам сценария в игру добавили Шеймина, который отсутствовал в первых двух версиях. Также появляются новые подземелья, в том числе ужасная Башня судьбы с 99 этажами, и квесты с участием разных второстепенных персонажей. Один из них – «Особо одаренный Игглибафф», в котором появляется Вигглитаф в своей юной форме. Несмотря на нововведения, игра очень близка к предшественницам.

Трилогия Pokémon Mystery Dungeon на WiiWare

Вскоре серия Pokémon Mystery Dungeon подступила к домашней приставке Wii. В августе 2009-го в Японии вышел третий эпизод саги в трех разных версиях: Keep Going! Blazing Adventure Squad! Let’s Go! Stormy Adventure Squad! и Go For It! Light Adventure Squad! Они были доступны в онлайн-магазине приставки и предлагали эксклюзивный набор из сотни покемонов, а также штабы и пятнадцать подземелий с разной графикой в каждой из версий. В остальном приключение идентично прежним. Однако теперь в роли героя выступает уже не человек с амнезией, ставший покемоном, да и проходить тест личности в начале не придется: вы сами выбираете, за какое существо будете играть, из девяти вариантов каждой версии. В Keep Going! Blazing Adventure Squad! в первую очередь представлены покемоны огненного типа; Let's Go! Stormy Adventure Squad! отдает предпочтение водному, а Go For It! Light Adventure Squad! ориентирован на электрический.