Вернувшись в деревню, отряд продолжает свои скромные исследования, но герою вновь снится странный сон, в котором Мунна умоляет помочь и прогнать преследующего его ужасного Гидрайгона. Мунна сообщает герою, что он прибыл в мир покемонов, чтобы спасти его от неминуемой опасности. Тогда наш смельчак отправляется на гору Килионэя, собираясь спасти покемона. Пока группа разбивает лагерь в лесу на ночь, герою навязывается новое видение: Мунна совсем неподалеку, и на него напал Гидрайгон! Компания решает отправиться на поиски и пересечь лес посреди ночи, но попадает в ловушку и подвергается нападению другой группы покемонов. Команде удается сбежать, но герой сбивается с пути и оказывается загнанным в угол на краю обрыва. Тогда появляется Гидрайгон, который спасает игрока и защищает его от злодеев, а затем раскрывает отряду всю правду. Да, как говорил Мунна, мир покемонов в опасности, но он солгал, свалив вину на Гидрайгона.

На самом деле Гидрайгон является Голосом жизни – воплощением природы, пытающимся спасти мир покемонов. Настоящую опасность представляет Жуткий холод, он же – Великий кристалл, который питается злобой покемонов. К нему не может подобраться ни один покемон, поэтому Гидрайгон и пытается найти героя-человека, способного его уничтожить. Великий кристалл находится под защитой Кюрема: он поражает всех, кто пытается к нему подойти, и манипулирует авантюристами с помощью Мунны. Компания достигает Великого ледника: битва с Кюремом оказывается титанически сложной, но в итоге ледяной дракон сдается. Затем герой должен в одиночку столкнуться с Ветром Отчаяния, который питает Жуткий холод негативной энергией покемонов. Как только Великий кристалл разбивается, в мир покемонов возвращается надежда и все становится как прежде. Гидрайгон может вернуть героя в человеческий мир, но, как это часто бывает в серии Pokémon Mystery Dungeon, ему предстоит еще многое открыть.

Этот эпизод был призван привлечь более широкую аудиторию своей доступностью: концепцию Mystery Dungeon хотели сделать более привлекательной для неопытных пользователей, упростив игру. Так из нее пропал элемент голода, что позволило герою бесцельно бродить по этажам подземелий, а нокауты стали не так страшны. Строгие меню предыдущих версий уступили место более понятному и приятному интерфейсу. Геймплей же вновь предлагает продвижение по этапам в реальном времени с небольшими головоломками, новыми ловушками, а также возможностью играть вчетвером по локальной сети. Еще в игре появился волшебный ветер, называемый Волной V: каждый день он благоволит определенному типу покемонов и придает им силы. Наконец, здесь используется камера Nintendo 3DS, с помощью которой можно захватить объект круглой формы и создать особое подземелье. На случай, если игрок не насытился, Pokémon Mystery Dungeon: Gates to Infinity даже позволяет скачивать новые подземелья. Конечно, не бесплатно.