С 1926 года Иван Алимарин учился в Московской горной академии на геологоразведочном факультете по специальности «минералогия». Проучился он там, не прекращая работать в ВИМС, два года – с 1926-го по 1928-й.
А потом ему опять не повезло.
В 1928 году органами ГПУ на Донбассе была разоблачена «вредительская организация работников горно-угольной промышленности, связанная с зарубежными антисоветскими центрами». Это было знаменитое «Шахтинское дело», ознаменовавшее собой поворот от вольностей двадцатых к «закручиванию гаек». Дело, по которому сотни человек были арестованы, 53 пошли под суд, 11 были приговорены к расстрелу и пятеро расстреляно.
Общественный резонанс был огромным и одним из последствий «Шахтинского дела» стала уже очень серьезная кампания пролетаризации технических вузов. Сам первый поэт Республики, великий Владимир Маяковский призывал на страницах журнала «Красное студенчество»: