Даже на уровне субъектов Российской Федерации им не всегда удается провести полную разработку группировок, имеющих коррумпированные связи в органах власти. Несмотря на то что служба построена по принципу вертикального подчинения, решение ряда организационных вопросов в определенной степени зависит от местных властей. То есть высокопоставленные чиновники государственных органов располагают возможностями оказания негативного давления на ход проводимых проверок либо расследований преступлений.
Раньше подобные действия заметно снижались в случае участия в мероприятиях сотрудников РУОП, УОП. Сказывался статус руководителей региональных подразделений, которые являлись заместителями начальника Главного управления МВД России и были практически недосягаемыми для местной администрации. Это позволяло принимать необходимые меры по изобличению чиновников регионального уровня. В последнее время все чаще коррумпированных высших должностных лиц субъектов Российской Федерации стали разрабатывать подразделения ФСБ с участием центрального аппарата.
В 2008 году функции противодействия организованной преступности общеуголовной направленности переданы в уголовный розыск. На подразделения по борьбе с экономическими преступлениями возложены обязанности противодействия коррупции и организованной преступности в сфере экономики.
Служба экономической безопасности в пределах своей компетенции осуществляет борьбу с организованной преступностью в сфере экономической деятельности и правонарушениями, совершаемыми мелкими группами. С учетом поставленных задач ее работа в большинстве своем осуществляется по принципу «от преступления в сфере экономики к преступникам», а не «от преступников к преступлениям», как это было поставлено в ГУОП, впоследствии переименованного в ГУБОП, а ранее в подразделениях БХСС. От приоритетности объекта оперативной направленности зависит и конечный результат работы. В первом случае таким объектом являются совершаемые преступления, во втором — преступные группировки.
Результаты работы этих служб оцениваются по количеству раскрытых преступлений и возбужденных уголовных дел, а не по численности разоблаченных группировок. Отсюда и слабая эффективность борьбы с данным явлением.
К компетенции уголовного розыска по-прежнему относится большое количество составов преступлений, предусмотренных действующим законодательством. Из них половина не представляет большой общественной опасности. Поэтому оперативные сотрудники не в состоянии проводить в полном объеме необходимые мероприятия по раскрытию совершенных преступлений, не говоря о разработке участников организованных группировок.