Приказ председателя КГБ № 0097 от 25 июля 1967 года гласил: «Центральный Комитет КПСС и Совет Министров СССР приняли постановление о создании в центральном аппарате КГБ и его органах на местах контрразведывательных подразделений по борьбе с идеологической диверсией противника. Это решение партии и правительства является проявлением дальнейшей заботы партии об укреплении государственной безопасности страны. Во исполнение указанных постановлений ЦК КПСС и Совета Министров СССР – приказываю:

1. Создать в Комитете госбезопасности при Совете Министров СССР самостоятельное (пятое) управление, возложив на него организацию контрразведывательной работы по борьбе с идеологической диверсией противника, передав эти функции из 2 Главного управления КГБ…»

Первоначально в 5-м Управлении были сформированы шесть отделов:

1-й отдел – контрразведывательная работа на каналах культурного обмена, разработка иностранцев, работа по линии творческих союзов, научно-исследовательских институтов, учреждений культуры и медицинских учреждений;

2-й отдел – планирование и осуществление контрразведывательных мероприятий совместно с ПГУ против центров идеологических диверсий империалистических государств, пресечение деятельности НТС, националистических и шовинистских элементов;

3-й отдел – контрразведывательная работа на канале студенческого обмена, пресечение враждебной деятельности студенческой молодежи и профессорско-преподавательского состава;

4-й отдел – контрразведывательная работа в среде религиозных, сионистских и сектантских элементов и против зарубежных религиозных центров;

5-й отдел – практическая помощь местным органам КГБ по предотвращению массовых антиобщественных проявлений; розыск авторов антисоветских анонимных документов и листовок; проверка сигналов по террору;

6-й отдел – обобщение и анализ данных о деятельности противника по осуществлению идеологической диверсии; разработка мероприятий по перспективному планированию и информационной работе.

В августе 1969 года в структуру 5-го Управления был добавлен 7-й отдел, в который из 5-го отдела были выведены функции выявления и розыска авторов анонимок, содержащих угрозы террористического характера, а также оперативной разработки и предупреждения враждебной деятельности лиц, вынашивающих террористические намерения. В июне 1973 года был образован 8-й отдел по борьбе с подрывной деятельностью зарубежных сионистских центров, а в следующем году – 9-й отдел по оперативной разработке антисоветских группирований, имеющих связи с зарубежными центрами идеологической диверсии, и 10-й отдел, который совместно с ПГУ занимался вопросами проникновения в зарубежные центры идеологической диверсии и осуществлением мероприятий по парализации и нейтрализации их деятельности. В дальнейшем в разные годы в составе 5-го Управления был образован еще ряд отделов. Вся история 5-го Управления неразрывно связана с именем Филиппа Денисовича Бобкова, который возглавил его 23 мая 1969 года.