Румыния вернула себе потерянные в 1940 году Бессарабию и Буковину и сверх того получила Транснистрию, столицей которой и стала Одесса. Все местные ресурсы, ранее являвшиеся государственной собственностью СССР, раздавались румынским предпринимателям. Русский и украинский языки были запрещены, из учебных заведений и библиотек изымались и сжигались все книги на русском. В школы региона были направлены учителя румынского языка, которые прикреплялись к каждому классу. В отношении евреев и коммунистов проводилась политика геноцида. По неточным данным, только зимой 1941/42 года в отдельно взятой Транснистрии было казнено 250 тыс. человек. Для сравнения: за все годы «сталинских репрессий» на территории Молдавии (автономной и союзной республик) за антигосударственную деятельность было расстреляно порядка 5 тыс. человек.
19 июля 1941 года нарком Сазыкин был произведен в комиссары ГБ 3-го ранга и назначен начальником ОО НКВД Южного фронта. Цвигун Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 декабря 1942 года был награжден медалью «За оборону Одессы». После эвакуации в ноябре 1941 года он был направлен в Управление НКВД по Смоленской области, где западнее Вязьмы, по данным Алексея Исаева, «в окружение попали 37 дивизий, 9 танковых бригад, 31 артиллерийский полк РГК и управления 19-й, 20-й, 24-й и 32-й армий Западного и Резервного фронтов. Организационно эти войска подчинялись 22, 30, 19, 20, 24, 43, 31, 32-й и 49-й армий и оперативной группы Болдина. Под Брянском в окружении оказались 27 дивизий, 2 танковые бригады, 19 артиллерийских полков РГК и управления 50-й, 3-й и 13-й армий Брянского фронта. Всего было окружено семь управлений армий (из 15 всего на западном направлении), 64 дивизии (из 95), 11 танковых бригад (из 13) и 50 артиллерийских полков РГК (из 64). Эти соединения и части входили в состав 13 армий и одной оперативной группы. Попытки деблокирования окруженных хотя и были поначалу запланированы, в действительности не предпринимались ввиду нехватки сил. Поэтому все прорывы предпринимались лишь изнутри “котла”». Общие безвозвратные потери Западного и Резервного фронтов РККА, полевых строительств Западного управления ГУБОПР и других гражданских наркоматов составили более 1 миллиона человек. Со всей очевидностью обнажилась страшная реальность: дорога на Москву была открыта.
В этот критический момент войны, когда вокруг царят хаос и паника, особая задача ложится на плечи чекистов, которых засылают в тыл врага с целью организации партизанских действий – в том числе и Цвигуна. Увиденное и пережитое им он описал впоследствии в документальном романе «Мы вернемся», вышедшем в 1971 году. Бывший учитель, начальник Особого отдела дивизии майор Иван Петрович Млынский оказывается с небольшой группой солдат 315-го полка 41-й стрелковой дивизии на оккупированной немцами территории. Подбирая разрозненные группы красноармейцев из других частей, Млынский принимает на себя командование новым воинским формированием, одновременно воплощая в себе черты народного мстителя, гайдука – каким был, например, Григорий Иванович Котовский. В основе сюжета – незримая схватка между отрядом Млынского и немецкой разведкой. Штаб фронта устанавливает связь с отрядом и ставит перед ним задачу по уничтожению коммуникаций противника и сбору разведданных в тылу у немцев. Пройдя через трудные бои и суровые испытания, уходя от карателей, отряд особого назначения выходит из окружения, нанеся врагу ощутимый урон.