18 января 1942 года приказом НКВД № 00145 было создано 4-е Управление НКВД СССР, которое возглавил старший майор госбезопасности Павел Анатольевич Судоплатов. Оперуполномоченным этого управления в марте 1942 года становится младший лейтенант ГБ Семён Кузьмич Цвигун. 6 июня 1942 года по заданию Судоплатова он направляется в Краснодар для организации партизанских отрядов – в архиве Виолетты Ничковой сохранилось его командировочное удостоверение, подписанное Судоплатовым. В личном листке Цвигуна по учету кадров в пункте 26 записано: «По заданию НКГБ СССР сформировал п/отряд “Батька”, который действовал на территории Краснодарского края, сам участие за линией фронта – принимал». Батькой величали командира отряда Павла Елисеевича Кривоносова, а сам отряд больше известен под названием «Кубанцы».

Они вновь встретились в 1949 году в Сочи, о чем свидетельствуют фотографии и поздравительные письма, хранящиеся в личном архиве Цвигуна: «Дорогой соратник по партизанскому движению “Кубанцы”, мой родной С.К. Цвигун! Поздравляю твою семью и всех работников окружающих Вас с великим праздником 1 мая и днем Победы! Желаю всем успеха в работе и хорошего здоровья. У меня сохранились фото, где мы сняты с Вами Сочи 5.XII-49 года… Ваш “Батько”, 28.4.1972».

В 70-е годы Павел Елисеевич Кривоносов занимался патриотической работой и бывал в рабочем кабинете Цвигуна. Однажды он подарил Семёну Кузьмичу открытку со своей фотографией и надписью на обороте: «Цвигуну Семену Кузьмичу в знак боевой дружбы в годы борьбы с фашизмом от Кривоносова Павла Елисеевича “Батько”, 17.2.72».

А вот телеграмма от комиссара отряда «Кубанцы» И.Е. Винниченко, датированная 4 октября 1973 года: «Москва, Комитет Госбезопасности СССР, товарищу Цвигуну Семену Кузьмичу= Горяче поздравляю Вас дорогой Семен Кузьмич одного из организаторов партизанской борьбы на Кубани моего первого наставника этом сложном деле защиты Родины зпт днем 30-летия освобождения Краснодарского края от фашистских оккупантов желаю крепкого здоровья семейного счастья успехов благородном труде во имя любимой Родины Бывший коммисар партизанского отряда Кубанцы Винниченко=» (Сохранена оригинальная орфография. – А.В.).

С ноября 1942 года Семён Кузьмич участвует в Сталинградской битве в качестве заместителя начальника Особого отдела 387-й стрелковой дивизии 2-й гвардейской армии. Вскоре после того, как 19 апреля 1943 года было создано ГУКР «Смерш», его направляют начальником розыскного отделения в ОКР «Смерш» Южно-Уральского военного округа, где он действует под легендой инженера авиационного завода. С ноября 1944 года Цвигун является начальником ОКР «Смерш» по Тоцкому гарнизону.