Когда при Анне был создан Кабинет, как прообраз будущего правительства, поначалу Тайную канцелярию формально подчинили Кабинету, как и все другие органы управления в империи. Ушаков даже пару лет заседал в этом Кабинете как его член на правах отдельного министра или главы коллегии (официально начальник Тайной канцелярии никакого титула для своего поста не имел, но стоял вровень с министрами — главами коллегий). Но уже к 1734 году Ушаков, пользуясь особым положением при императрице и правом личной аудиенции у нее, добился своей неподконтрольности Кабинету, приезжая на его заседания изредка уже как государственное лицо, подчиненное только императрице. А когда в Кабинете решили, что и все имевшиеся по отдельным коллегиям и государственным учреждениям письменные указы императрицы необходимо собрать в одном месте (в том же Кабинете), то все министры принялись сдавать такие имевшиеся у них документы. И только Ушаков в ответ на такой запрос напишет, что «оные приказы по моему ведомству секретны», отказавшись передавать их Кабинету, на чем энтузиазм «кабинетчиков» влезть и в сакральные тайны политического сыска быстро иссяк. И так продолжалось до самого 1741 года, когда Кабинет вообще был упразднен. После этого до формального подчинения генерал-прокурору Сената уже при Екатерине II в 1762 году Тайная канцелярия опять была личным орудием в руках монарха даже де-юре.

Анна наравне с Петром I были в XVIII веке теми российскими монархами, кто более других лелеял сыск и интересовался его делами, являясь едва ли не негласными руководителями своих спецслужб тайного сыска. У Анны Иоанновны эта тенденция проявлялась еще даже более отчетливо, чем у ее грозного дяди Петра Алексеевича, поскольку у нее для этого просто было больше свободного времени, не занятого, как у Петра, бесконечными государственными реформами глобального масштаба. Анна временами целыми днями читала принесенные ей Ушаковым во дворец «экстракты» (выдержки из следственных дел Тайной канцелярии), сама составляла вопросники для арестованных по этим делам. Так, она почти руководила следствием по делу иркутского губернатора Жолобова, составляла для Ушакова новые вопросники, по которым нужно было допросить опального чиновника, указывала, у кого из его родственников и друзей проводить обыски на предмет изъятия новых важных для следствия бумаг. Особенно Анна Иоанновна разъярилась, узнав, что в отчаянии жена Жолобова пыталась дать чинам Тайной канцелярии взятку за прекращение дела и освобождение мужа (бедная женщина не знала, что ход следствия контролирует лично сама царица), приказав ускорить ведение следствия и вынесение Жолобову сурового приговора.