Активную зафронтовую работу проводила и военная контрразведка. Конечно, по своим масштабам ее работа была менее значительной, чем Особой группы П.А. Судоплатова и 4-го Управления НКВД. Тем не менее она была необходимой, особенно в прифронтовой полосе. Группы ОО НКВД различного наименования дезорганизовывали тыл германской армии; разрушали линий и узлы связи, электростанции и другие объекты, имевшие военное значение; вели контрразведывательную работу; через завербованных агентов совершали теракты над пособниками оккупантов, уничтожали предателей, выдававших советско-партийный актив, штабные объекты противника; захватывали и доставляли в ОО НКВД военнопленных; вели розыск частей, находившихся в окружении. В начале войны во взаимодействии с районными и местными партийными организациями Особая группа НКВД засылала свои разведывательно-диверсионные группы в партизанские формирования в тыл к немцам, включая в их состав опытных разведчиков и радистов. Помимо этого, ее руководитель возглавлял Штаб НКВД СССР по борьбе с парашютными десантами противника. Ему подчинялись соответствующие оперативные группы в наркоматах ВД дел Украинской, Белорусской, Латвийской, Литовской, Эстонской, Молдавской, Карело-Финской, Грузинской ССР, Крымской АССР, УНКВД по Ленинградской, Мурманской, Калининской, Ростовской областям и по Краснодарскому краю. Иными словами, П. Судоплатов сосредоточил в своих руках как борьбу с разведывательно-диверсионной деятельностью противника в тылу Красной армии, так и руководство организацией разведовательно-диверсионной деятельности в тылу вермахта, партизанской борьбы.

Зафронтовую работу активизировали четвертые отделы НКВД союзных республик, краев и областей, созданные решениями УНКВД. Так, 28 августа 1941 г. нач. УНКВД по Орловской области, капитан ГБ К.Ф. Фирсанов сообщил в центр о сформировании 4-го отдела и о том, что большинство сотрудников отдела выехало на фронт и там создало оперативный штаб по организации и руководству партизанскими отрядами и диверсионными группами[1021]. В штаб вошли оперуполномоченные Емельянов, Морозов, Скрипкин, Силенко, Рубинштейн и др. Они установили связь с райкомом партии и начали готовить и забрасывать в немецкий тыл разведчиков и диверсантов[1022]. В конце августа 1941 г. на базе разведотдела УНКВД Ленинградской области также был создан 4-й отдел, который осуществлял общее руководство оперативной и специальной работой, собирал военно-политическую информацию о настроении в оккупированных районах, имевшую важное значение в связи с направлением в тыл противника разведчиков и РДГ групп.