По возвращении из Рима Эймс был направлен в «родной» советский отдел, но место он получил неважное — в западноевропейской секции. В декабре, через месяц после падения Берлинской стены, его перевели в группу по Чехословакии, но он тут же ушел в отпуск и уехал в Колумбию, а в Праге между тем шла «бархатная революция».

Возвратившись из отпуска в январе, он извинился перед нашим резидентом в Праге Дэвидом Мэннерсом за свое отсутствие на работе как раз в то время, когда Вацлав Гавел и другие диссиденты пришли к власти. Он, конечно, не сказал Мэннерсу, что во время рождественского отпуска встречался в Боготе с посланцем КГБ. Эймс проработал на чехословацком направлении лето 1990 года, но в октябре был переведен из советского отдела в аналитическое подразделение Контрразведывательного центра.

Одним из моментов вносивших напряженность в его жизнь, была предстоящая проверка на полиграфе, которую он должен был пройти после возвращения из Рима. Последний раз он проходил полиграф в 1986 году, через год после того, как начал работать на КГБ (работники ЦРУ каждые пять лет должны были проходить такую проверку). Ему удалось на несколько месяцев оттянуть проверку, но к апрелю 1991 года это уже стало невозможно. Готовясь к проверке, которая была назначена на 12 апреля, он знал, что ему многое нужно было скрыть, и ломал голову над тем, как обмануть полиграф.

Как опытный оперативный работник, не раз проверявший на полиграфе других, Эймс хорошо знал его возможности и ограничения. Он бывал по ту сторону проверки и знал, на что обращает внимание оператор полиграфа. Он также был в курсе, что результаты проверки очень часто отражают ожидания специалиста по технике. Значит, его способность пройти испытание будет зависеть от того, сумеет ли он установить хорошее взаимопонимание с оператором.

Проверка шла успешно, пока Эймс не споткнулся в вопросе о деньгах. Когда оператор вернулся к этому вопросу, Эймс понял, что тут у него проблема. Он начал говорить о своих карьерных планах в ЦРУ. «Мы достаточно подробно обсуждали формирующиеся у меня планы заняться экспортно-импортной деятельностью с друзьями в Нью-Йорке и Колумбии, — вспоминал он позже. — Это были только планы, и они так и остались планами, но эта продолжительная дискуссия потребовалась для того, чтобы убедить оператора, что я пока не нарушил и не собирался нарушать требований относительно коммерческой деятельности в период, предшествующий выходу в отставку». Этот тонкий отвлекающий маневр позволил ему успешно пройти испытание.

Оператор предложил сделать перерыв и продолжить проверку утром следующего дня. Эймс был встревожен, но он уже достаточно хорошо изучил поведение экзаменатора, методы его работы и пришел к выводу, что в поведении оператора не было признаков того, что тот пытался скрыть возникшие подозрения.