Переломный момент наступил в 1898 году, когда Испания потерпела болезненное военное поражение в борьбе с США за последние свои колонии на Американском континенте. Четыре столетия империи Нового Света подошли к концу. Католики обвинили в этом национальном унижении масонов — как испанских, так и тех, кто был на Кубе и Филиппинах. Полиция совершила налет на мадридские штаб-квартиры «Великого востока» Испании и «Национального Великого востока», двух важнейших масонских руководящих органов страны. Многие вышли из лож. После 1898 года своя антимасонская философия появилась у военных. Вырастут два поколения офицеров, считающих, что пятая колонна масонов способствовала поражению Испании и активно препятствовала попыткам получения новых территорий в Марокко.

Стремительные социальные изменения начала XX века лишь ужесточили спор «Церковь против государства». Несмотря на то что развитие масонства было приостановлено, церковный страх перед ложами возрос. Чем больше система пропитывалась католической идеей общества, основанной на религии, собственности, порядке и семье, тем меньше она была способна противостоять вызовам современности и тем больше врагов приобретала Церковь. Либералы насаждали стремление к секуляризации, росла угроза атеистического социализма. Произошел ряд антиклерикальных восстаний. Выступления рабочего класса в Барселоне в 1909 году, известные как «Трагическая неделя», начались с того, что радикалы, социалисты и анархисты обезглавили статуи святых и религиозных деятелей, осквернили могилы и подожгли церкви. К концу Первой мировой войны Церковь ненавидели целые пласты испанского общества, особенно городской рабочий класс и ожесточенное крестьянство на юге страны. Судьба испанских масонов была неопределенной: они были поборниками либеральных идей, к которым все чаще начинали относиться с презрением как правые, так и левые.

В 1923 году на фоне забастовок, беспорядков и международного страха перед большевистской революцией военная диктатура генерала Мигеля Примо де Риверы отказалась от конституционного правительства, чем обрадовала представителей Церкви. Масонство подвергалось преследованиям, хотя и не было запрещено. «Протоколы сионских мудрецов», в которых рассказывалось о жидомасонском заговоре, были впервые переведены на испанский язык как раз в то время. Отныне евреи были постоянными партнерами масонов в воображаемом заговоре. Но отчасти потому, что евреев в Испании было очень мало — они, как известно, были изгнаны еще в 1492 году, — угроза с их стороны не казалась чем-то реальным. Масоны, напротив, казались угрозой вполне явной.