На какое-то время победа правых на выборах в 1933 году остановила продвижение секуляристов. В октябре 1934 года лидер Испанской конфедерации автономных правых стал военным министром и сразу же запретил масонам служить в армии (шесть генералов были уволены). На новых выборах в феврале 1936 года антимасонство снова стало боевым кличем правых. «Они не пройдут! Марксизм не пройдет! Масонство не пройдет!»

Несмотря на всю эту резкость, результаты выборов 1936 года снова привели к власти левых, а вместе с ними и силы антиклерикализма. Испанское общество было расколото. С обеих сторон было сформировано ополчение. Произошла череда убийств по принципу «око за око».

Вскоре возникли планы военного восстания против республики. Человек, стоящий в средоточии этих планов, генерал Эмилио Мола считал, что сама республика возникла благодаря «ненависти одной расы, передаваемой через умело управляемую организацию: я имею в виду именно евреев и масонство». 30 июня 1936 года Мола издал длинный список инструкций своим товарищам по заговору в Марокко, где начнется восстание. Они включали устранение левых элементов: коммунистов, анархистов, профсоюзных деятелей, масонов и т. д.

Когда две недели спустя начались боевые действия, ненависть, копившаяся десятилетиями, вырвалась на поверхность. В республиканской зоне прокатилась волна антиклерикальных убийств: погибло около семи тысяч священнослужителей, в том числе тринадцать епископов и двести восемьдесят три монахини. Эти убийства часто принимали садистскую, символическую форму. В Торрихосе, недалеко от Толедо, приходского священника раздели и пороли, а затем заставили пить уксус, ходить в терноввом венце и носить на спине бревно. В конце концов его мучители решили застрелить его, а не пригвоздить к кресту. Почти нет доказательств того, что масоны участвовали в многочисленных эпизодах антиклерикального насилия, происходивших в Испании до и во время Гражданской войны. Но это не имело большого значения.

Со стороны националистов епископы приветствовали восстание правых как «крестовый поход». Оружие солдат и ополченцев было благословлено как орудие защиты христианской цивилизации. Более века католической антимасонской ненависти сделали братьев мишенью, частью анти-Испании, которую нужно было сокрушить. Согласно одной газете, принадлежащей «Фаланге», в сентябре 1936 года: «Вся Испания требует образцового и быстрого наказания масонов, этих хитрых и кровожадных негодяев». По трагическому историческому совпадению британское влияние, идущее из Гибралтара, определило сосредоточенность масонов в юго-западной части Испании, вокруг Кадиса, Уэльвы и Севильи — той самой области, которая была наиболее жестоко «очищена» в первые месяцы войны. Так получилось, что десятилетия религиозной антимасонской риторики завершились жестоким преследованием масонов в начале Гражданской войны.