После провала «заговора Березовского», скоропалительной отставки Касьянова и фактического паралича правительства в ходе панической административной реформы 2004 года Дворкович возглавил экспертное управление президента: в правительстве патриотично настроенного Зубкова отъявленному либералу было неуютно.
С началом выдвижения Медведева в качестве преемника Дворкович как один из наиболее последовательных либералов был активно привлечен к этой работе. Фигура Медведева вводилась в общественное сознание при помощи букета «национальных проектов», – и в июле 2006 года Дворкович стал членом президиума занимавшегося ими президентского совета.
Правда, летом 2007 года, когда шансы первого вице-премьера Сергея Иванова на некоторое время начали казаться преобладающими, Дворкович вошел в состав правительственного совета по нанотехнологиям под его руководством.
Однако последовательные либеральные взгляды объективно делали Дворковича сторонником Медведева, – и его ориентация была оценена: после инаугурации тот сделал Дворковича одним из шести помощников и своим представителем по связям с «Большой восьмеркой».
Отказ Медведева от борьбы за власть и возвращение Путина на президентский пост стал для Дворковича, как и для многих других поставивших на Медведева либералов, подлинным шоком. Негативно отозвавшись об этом в твиттере, Дворкович объяснил свое отсутствие на съезде «Единой России» в сентябре 2011 года, на котором было объявлено это решение, тем, что «на малой спортивной арене Лужников (месте проведения съезда —
Тем не менее, он справился с разочарованием и в правительстве Медведева стал его заместителем, курирующим весь реальный сектор, и сохраняет эту позицию до сих пор, занимаясь самым разнообразным кругом вопросов от освоения арктического шельфа до графика пригородных электричек.
Дворкович остается неотъемлемой и исключительно влиятельной частью либерального клана и участвует в значимых для него мероприятиях. Так, во время конфликта «Уралкалия» с «Белкалием» в августе 2013 года, являвшимся, насколько можно судить сейчас, масштабной и во многом успешной провокацией против реинтеграции постсоветского пространства, Дворкович решительно высказался против белорусских властей, даже находясь в отпуске за границей, – хотя до этого никак не реагировал на события в России, в том числе на непосредственно затрагивающее его сферу ответственности чудовищное наводнение на Дальнем Востоке. Напомним, что, по ряду сообщений, это наводнение было если и не вызвано, то, во всяком случае, кардинально усилено действиями руководства гидроэлектростанций, действовавшими исходя из коммерческой логики вопреки интересам обеспечения общественной безопасности, – а энергетика курируется именно Дворковичем, как и весь реальный сектор.