ЦСР работал по весьма оригинальной схеме: приглашали максимум экспертов, собирали все имеющиеся у специалистов предложения, а затем комбинировали их в соответствии со своей идеологией, отбрасывая все не подходящее.

В результате Кузьминов без помех и лишней огласки включил в стратегию реформы образования все свои идеи. Именно при Филиппове, бывшего Министром образования с 1998 по 2004 годы, его стали называть «серым кардиналом» Министерства.

Однако в силу осторожности Филиппова основой модернизации образования во время его пребывания на посту Министра стала компьютеризация. В 2001 году была принята федеральная целевая программа (ФЦП) «Развитие единой образовательной информационной среды (2001–2005 годы)», смысл которой был прост: Интернет – в каждую деревню. Деньги на ее реализацию в бюджете предусмотрены не были в силу ужасного состояния школ: было не до Интернета. Для решения проблемы более 1,7 млрд. руб. в бюджете образования, выделенные на текущие нужды, были перераспределены на «прочие расходы», – на «развитие информационной среды». В 2005 году правительство взяло у Мирового банка заем еще на 100 млн. долл. под проект «Информатизация системы образования».

Результаты информатизации школ обнажило международное исследование SITES-2006: 70 % представителей 800 школ из 45 регионов еще не были обеспечены компьютерами, а значительная часть имеющейся техники находилась на складах либо не имела необходимого программного обеспечения. Деньги же были успешно «освоены».

Поскольку в целом осторожный и рациональный Филиппов сдерживал либеральную реформу образования, Кузьминов посвятил силы другим сферам.

С конца 90-х он занимался вопросами реформы государственной службы, – возможно, потому, что некоторые либеральные разработчики этой реформы из числа помощников Ельцина и сотрудников его администрации, потерявшие работу во второй половине 90-х, стали преподавателями ВШЭ. В 1999 году он опубликовал «Тезисы о коррупции», в которых сформулировал основные направления административной реформы, в 2000-м под его руководством был подготовлен доклад об административной реформе, в 2002–2003 годах – целая серия докладов по анализу и упорядочению функций органов исполнительной власти, бюджетированию и составлению административных регламентов.

Кузьминов участвовал в подготовке экономической программы, подготовленной объединенными в Госсовет губернаторами в качестве альтернативы пагубной либеральной стратегии ЦСР («программы Ишаева»).

В 2001 году участвовал в разработке Федеральной целевой программы «Электронная Россия» (провалившейся, насколько можно судить, из-за неспособности Минэкономразвития договориться с Минсвязи о разграничении обязанностей и, соответственно, разделении денег).