С конца 90-х «Альфа-групп» и лично Фридман многократно подавали иски к СМИ, наносивших, по их мнению, ущерб их репутации. Так, статьи Лурье в газете «Версия» в 1999 и 2002 годах привели к судебному решению о выплате 7,5 млн. руб. в качестве морального вреда, увольнению главного редактора Арифджанова и чуть не вызвало закрытие газеты. Когда Financial Times написала, что детективное агентство Kroll якобы собирало информацию о публикациях, вредящих репутации группы, «Альфа» ограничилась опровержением, – но немецкий журнал Osten im West, обвиненный ей в клевете в начале 2000 года, закрылся, не сумев выплатить по суду 200 тыс. марок.

В ноябре 2002 года затонул, нанеся огромный ущерб побережью Испании, перевозивший мазут танкер «Престиж», зафрахтованный входившей в «Альфа-групп» фирмой. Когда на следующий год «Альфа-групп» избавилась от этой фирмы, французские Le Parisien и Les Echos охарактеризовали это как попытку Фридмана уйти от ответственности – и получили иски с требованием взыскать за клевету более 1 млн. евро. В российских СМИ не сообщалось о результатах, да и сама связь этой катастрофы с «Альфой» почти не освещалась.

В 2005 году суд после длительного рассмотрения обязал «Московскую правду» выплатить «Альфа-банку» и Фридману 5 млн. руб. за статью об их возможной причастности к убийству Пола Хлебникова.

В августе 2004 года «Альфа-банк» подал в суд на «Коммерсант» за статью об очередях возле своих отделений во время банковского кризиса в начале июля, оценив все свои убытки (включая неполученные проценты по непредоставленным кредитам, внеплановую рекламу, купленную вне графика валюту и усиление охраны) в 20,8 млн. руб. и потребовав 300 млн. сверх того за репутационный ущерб. Общая сумма – около 11 млн. долл. – не имела прецедента: до того подобные иски к российским СМИ не превышали 0,5 млн. долл. Некоторые СМИ полагали, что Фридман просто хотел нанести удар по Березовскому, которому принадлежал тогда «Коммерсант».

Хотя очереди, насколько можно судить, имели место и до статьи (как и сам банковский кризис), а «Альфа-банк» в июне был лидером по снижению остатков на счетах физлиц (на 1,46 млрд. руб.) и действительно вводил 10 %-й штраф за досрочное снятие вкладов, суд удовлетворил иск, уменьшив его на символические 10 млн. руб., и в конце января 2005 года «Коммерсант» перечислил взысканные средства. При этом он устроил мощную демонстрацию, выпустив практически пустой номер газеты с требуемым судом опровержением и указанием, что номер «посвящен исключительно „Альфа-банку“ и лично Фридману. Чтобы им было приятно».