Однако, несмотря на формальное владение дочерней структуры «Газпрома», Венедиктову удавалось сохранять фактически полный контроль за радиостанцией. Умело и терпеливо дирижируя конфликтами, сочетая публичные заявления с неформальными сообщениями в соцсетях и закулисной дипломатией, он добился полной независимости «Эха Москвы» от формального владельца. Посягавшие на это представители собственника – от Коха до Лесина – неуклонно теряли свои должности, что создало Венедиктову репутацию непобедимого в силу своей незаменимости для Кремля.

Однако, изобретательно и рискованно, постоянно азартно и вместе с тем крайне осмотрительно балансируя на грани фола, нападая на власть ради возможности оказывать ей уникальные услуги и оказывая ей услуги для зарабатывания индульгенции на будущие нападки, Венедиктов неутомимо, энергично и профессионально развивал радиостанцию, которая переросла – прежде всего его усилиями и талантом – в полноценный и самостоятельный медиа-холдинг.

В 2002 году основная часть ультралиберальных тележурналистов «гусинского» НТВ, ушедшая затем на создававшийся как его клон ТВ-6, после его закрытия осталась без работы. Используя их в качестве ресурса, Венедиктов создал «Эхо-ТВ», которое вело трансляции в Интернете с передач «Эха Москвы» и выкладывало там соответствующие видеоролики. «Эхо-ТВ» развивалось как партнер телеканала RTVI, созданного Гусинским в Израиле и ориентированного на эмигрантскую аудиторию. Правда, и в России RTVI был представлен довольно широко через разнообразные кабельные сети и постепенно угас к концу «нулевых» из-за полной утраты адекватности российским реалиям и настроениям; в первой половине десятых годов был выкуплен близким к государству бизнесом, но развить его, насколько можно судить, так и не удалось.

В том же 2002 году Венедиктов возглавил радиостанцию «Арсенал» – запасную площадку на случай установления реального, а не формального государственного контроля за «Эхом Москвы». Вероятно, этот жест укрепил его переговорную позицию, – и, когда опасность окончательно миновала, радиостанция «Арсенал» была продана скандально известному франко-израильскому бизнесмену Гайдамаку, пытавшемуся тогда собрать свой медиахолдинг на базе газеты «Московские новости» (переговоры начались в сентябре 2005 и успешно завершились в марте 2006 года).

В 2006 году Венедиктов вместе с давней ведущей «Эха Москвы» Светланой Сорокиной попытался вести передачу «В круге света» на телеканале «Домашний», но, похоже, этого никто не заметил, кроме его поклонников и биографов.