Тем не менее Рабин отказался санкционировать проведение операции в Дамаске и приказал Моссаду осуществить ее за пределами Сирии. Но где? Какое-то время руководители Моссада пребывали в растерянности. Наконец им повезло — Шкаки пригласили на встречу участников палестинских террористических организаций в Ливии. Сначала он ответил, что не приедет; но потом ему сообщили, что его главный соперник, Саид Муса, глава ненавистной организации Абу Муса, намерен принять участие во встрече. Эксперты Моссада предположили, что Шкаки не уступит трибуну своему сопернику и любой ценой приедет на конференцию. И действительно, поступивший из Дамаска секретный отчет подтвердил: Шкаки направляется в Ливию. В Иерусалиме Рабин дал отмашку приступить к операции.

Европейские источники утверждают, что подготовка к нападению началась, когда эксперты Моссада по борьбе с терроризмом изучили маршруты предыдущих рейсов Шкаки в Ливию. Оказалось, он всегда предпочитал летать в Триполи через Мальту. Рамсад решил действовать на Мальте, а не в Ливии. Мальта была более удобным и тихим местом. Агенты Моссада ждали Шкаки в аэропорту Валетты. Он собирался сделать там короткую остановку по пути в Ливию. Шкаки почти одурачил разыскивавших его израильских агентов. Тщательно замаскировавшись, он приземлился на Мальте только третьим ежедневным рейсом из Дамаска. Провел некоторое время в транзитном зале и сел на стыковочный рейс в Ливию.

26 октября, ранним утром, Шкаки вернулся на Мальту, зарегистрировался в отеле Diplomat, где останавливался ранее, получил ключи от номера 616 и после этого немедленно покинул отель. Повсюду за ним следовали два агента Моссада на синем мотоцикле. Шкаки потратил пару часов, посещая местные магазины и рынки. Он возвращался в отель, когда рядом с ним остановился синий мотоцикл. Один из агентов, которого позднее описывали как мужчину ближневосточной внешности, подошел и с близкого расстояния выпустил в него шесть пуль из пистолета с глушителем. Шкаки упал на тротуар, а его убийца бросился в соседний переулок, где его на мотоцикле с работающим двигателем поджидал напарник. Они помчались к ближайшему пляжу и запрыгнули на борт скоростного катера, который доставил их к ожидавшему в открытом море грузовому судну. Официально судно перевозило цемент из Хайфы в Италию; но помимо цемента оно везло еще один груз: самого Шабтая Шавита, который наблюдал за операцией с импровизированного командного пункта на борту. Маршрут эвакуации был тщательно спланирован. Никто не преследовал агентов, и они добрались до корабля-носителя целыми и невредимыми.