Проведённая властями Британской Индии в 1893 году граница с Афганистаном – «линия Дюранда» не признаётся пуштунами, говорящими о создании «Великого Пуштунистана» на базе земель пакистанских и афганских племён. Компромисс же местных маликов с федеральным правительством, основанный на невмешательстве Исламабада во внутреннюю жизнь племён по неизменному с 1901 года Уголовному законодательству зоны племён, был разрушен введением в этот акт в августе 2009 года поправок, распространивших юрисдикцию Пакистана на их земли.

Современная внутренняя политика в Пакистане определяется борьбой кланов и Верховного суда. После того как 28 ноября 2009 года истёк срок действия указа президента Первеза Мушаррафа о национальном примирении, в 2007 году предоставившего политическую амнистию более чем восьми тысячам чиновников и бизнесменов, 16 декабря 2009 года вердикт Верховного суда разрешил возобновление уголовных преследований против них. В списке оказались президент и ряд министров, в том числе обороны и внутренних дел. При этом пока гражданские политики Пакистана сражаются за власть, свыше 120 тысяч военнослужащих пакистанской армии борются с радикальными исламистами. Более 1300 из них погибли в боях и терактах.

В конечном счёте нестабильность, неизменно сопровождающая в Пакистане гражданское правление, скорее всего, в очередной раз закончится приходом к власти военных. Это засвидетельствует провал очередной попытки демократизации Пакистана под давлением извне, но для безопасности ядерных объектов и борьбы с исламистским терроризмом будет оптимальным исходом. Как отметил в этой связи Дэвид Килкаллен, бывший офицер австралийской армии, специальный советник Джорджа Буша и консультант Барака Обамы: «В случае коллапса Пакистана он превзойдёт всё, что мы до сих пор видели в том, что мы называем войной с террором сегодня».

Экономика Пакистана находится в состоянии стагнации и без внешней помощи не может быть восстановлена. Высокий уровень бюрократии, коррупция и нестабильность ухудшают инвестиционный климат. Основными партнёрами Исламской Республики Пакистан в экономической сфере являются Китай, Великобритания и США. Уровень её интеграции в англоязычный мир и миллионы пакистанцев, живущих за рубежом, в основном в Великобритании, США и странах Залива, увеличивают её шансы на внешнюю поддержку. Сельское хозяйство, промышленность, инфраструктура, включая порты и трубопроводы, банковская сфера и военно-промышленный комплекс Пакистана представляют определённый интерес для инвесторов, но присутствие России в этой стране пока ограниченно – в том числе из-за сотрудничества Москвы с Индией.