Рост курдской партизанской борьбы вызвал ответную реакцию властей Турции. На территории Курдистана находится около четверти Сухопутных войск Турции (2-я и 3-я полевые армии), большие группировки ВВС, жандармерии, пограничных войск, войск специального назначения. В течение 1990-х годов Турция провела целый ряд военных операций в Ираке (наиболее крупные в 1996 и 1998 годах (операция «Мурат»). Наряду с военным противостоянием широко используются и другие формы противопартизанской борьбы, например создание вооружённой антикурдской самообороны из числа населения лояльных властям населённых пунктов под контролем силовых структур (так называемые «сельские стражи», их численность одно время достигала 60 000 человек), создание «зон безопасности», принудительное выселение местного населения из Курдистана некомпактно в другие регионы Турции под жёсткий контроль местных властей и т. д.

Серьёзное изменение ситуации в конфликте произошло после 1991 года. Воспользовавшись ослаблением режима С. Хуссейна после его поражения в Войне в Персидском заливе и введением США с их союзниками «беспилотных зон» иракские курды начали всеобщее восстание и взяли под фактический контроль огромные территории на севере Ирака. Турция отреагировала немедленно, проведя летом и осенью 1991 года серию крупных войсковых операций и массированных авиационных ракетно-бомбовых ударов по курдским лагерям на севере Ирака. Турецкие войска там стали находиться на постоянное основе, даже не получая согласие иракского правительства. Тем самым Турция пыталась сорвать попытку РНК взять под свой контроль весь Иракский Курдистан. При этом преследовались и политические цели: настроить иракских курдов против присутствия турецких курдов на их территории и ликвидировать инфраструктуру НОАК в Ираке силами местных курдов. В значительной мере это удалось: в 1992 году отряды Джаляля Талабани начали вооружённую борьбу против баз РПК и поддерживавших их отрядов Масуда Барзани. Вспыхнувшая в итоге гражданская война в Иракском Курдистане позволила турецким властям усилить блокаду турецкого Курдистана и добиться там определённых успехов. Другим успехом Турции стал союз с Масудом Барзани, вступившим в вооружённую борьбу против РНК в северном Ираке в 1992 году и причинившим ей тяжелые потери. В условиях хаоса в Иракском Курдистане вторжения войск Турции в этот регион стали регулярными, невзирая на недовольство США.

Крупнейшим успехом Турции в борьбе против РПК стал захват американскимиспецслужбами лидера этой организации Абдуллы Оджалана в Кении (15 февраля 1999 года). Незадолго до своего захвата (1 сентября 1998 года) Абдулла Оджалан призвал РПК объявить перемирие, а после захвата — стянуть все боевые силы на север Ирака. С этого момента партизанская борьба РПК пошла на спад. В августе 1999 года РПК заявила о выводе своих вооружённых формирований из Турецкого Курдистана. Среди руководства РПК усилились позиции сторонников мирных переговоров и поиска политических путей решения с официальной Анкарой. Казалось, многолетняя война близится к завершению.