Двадцать седьмого декабря 1954 года на основании представления Генеральной прокуратуры СССР Президиум Верховного Совета СССР отменил свое собственное решение от 9 августа 1941 года об амнистии Я. И. и П. Н. Серебрянских. На Полину Натановну также решили завести уголовное дело. И это при том, что уже началась реабилитация граждан, незаконно репрессированных ранее. Дело было направлено в Верховный суд СССР с единственным «послабляющим» предложением — заменить расстрел, меру наказания, вынесенную Серебрянскому ранее, 25 годами лишения свободы с отбыванием срока в исправительнотрудовом лагере.

Но и после этого интенсивные допросы Серебрянского продолжались. Меры физического воздействия к нему не применялись, однако постоянно оказывалось психологическое давление с целью получения нужных признательных показаний. Сердце разведчика-нелегала, много повидавшего за годы работы, не выдержало: 30 марта 1956 года в Бутырской тюрьме на очередном допросе у следователя Военной прокуратуры генерал-майора П. К. Цареградского Я. И. Серебрянский скончался от сердечного приступа на 64-м году жизни.

Из воспоминаний Анатолия Яковлевича Серебрянского: «1956 год. Приходит вызов из Военной коллегии Верховного Суда. Приезжаю. Большой кабинет. За столом какой-то важный чин. Сухо сообщив мне о смерти отца, он неожиданно спрашивает:

“А вы знаете, что ваш отец был эсером?”

“Знаю”, — автоматически отвечаю я. Немая пауза. Пустота». Борьба за реабилитацию Якова Исааковича и Полины Натановны Серебрянских была невероятно тяжелой. Понадобилось целых десять лет, чтобы восстановить справедливость в отношении Полины Натановны. Она вышла из тюрьмы 12 августа 1955 года, но только 4 августа 1966 года Военная коллегия Верховного Суда Союза ССР в составе председательствующего генерал-майора юстиции Терехова, полковника юстиции Курбатова и подполковника юстиции Смирнова, пересмотрев уголовное дело, сняла с нее все ранее выдвигавшиеся обвинения.

Из воспоминаний Анатолия Яковлевича Серебрянского:

«Примерно через месяц-другой после возвращения в СССР [1962 г.] Вилли Фишер разыскал меня.

Телефонный звонок:

“Здравствуй, Толя, это Фишер. Помнишь?” Забыть я не мог, тем более что газеты ежедневно рассказывали о “богатыре с Волги” — полковнике Абеле, а я уже знал, кто на самом деле под этой фамилией.

“Можешь приехать ко мне в Челюскинскую?” — называет адрес.

“Конечно”.

Вот и дача. Очень волнуюсь. Конечно, я его узнаю, но с некоторым трудом. Это потом его портреты появились, сначала в кинофильме, затем и в газетах.

“Я узнал про отца, — говорит он. — Ужасная несправедливость. На днях меня принимал Конотоп (в ту пору — секретарь Московского обкома партии), и я ему рассказал об отце. Может быть, поможет”. <…>