Пятого марта 1953 года умер И. В. Сталин. В этот же день МВД и МГБ вновь были слиты в единое Министерство внутренних дел СССР. Министром внутренних дел и заместителем Председателя Совета Министров СССР был назначен Л. П. Берия. С 21 марта П. А. Судоплатова назначают заместителем начальника I Главного управления (контрразведка) МВД СССР. А 30 мая он становится начальником 9-го (Разведывательно-диверсионного) отдела МВД СССР, созданного на базе Бюро № 1. В мае 1953 года перед 9-м отделом была поставлена задача нейтрализации стратегических наступательных сил ВМС и ВВС США.

«Я, — вспоминает П. А. Судоплатов, — доложил план создания специальных резидентур, которые смогут вести регулярное наблюдение примерно за ста пятьюдесятью основными западными стратегическими объектами в Европе и Соединенных Штатах Америки. Адмирал Кузнецов представил на наше рассмотрение другой вариант действий. По его мнению, специальные операции и диверсии должны разрабатываться в соответствии с требованиями ведения современной войны. Нынешние военные конфликты скоротечны, сказал он, они должны заканчиваться быстрым и решительным исходом. Кузнецов предложил обсудить возможность нанесения упреждающих ударов, рассчитанных из-за ограниченности наших ресурсов на уничтожение трех-четырех авианосцев США, что дало бы нашим подводникам большие преимущества при развертывании операций против морских коммуникаций противника. Имело бы смысл, продолжал он, провести диверсии на военноморских базах и в портах Европы, чтобы предотвратить прибытие подкреплений американским войскам в Германии, Франции и Италии. Генерал армии Захаров, позднее начальник Генштаба, заметил, что вопрос об упреждающем ударе по стратегическим объектам противника является принципиально новым в военном искусстве и его нужно серьезно проработать.

Маршал Голованов не согласился с нами. Он отметил, что в условиях войны при ограниченных ресурсах было бы реалистичнее предположить, что мы сможем нанести противнику не более одного-двух ударов по стратегическим сооружениям. И в этом случае следует атаковать не корабли на базах противника, а прежде всего уничтожить на аэродромах часть его мощных военно-воздушных сил, способных нанести ядерный удар по нашим городам.

Я поддержал Захарова, приведя примеры из практики Второй мировой войны и нашего небольшого опыта, полученного в корейской войне, — тогда наши легальные резидентуры имели возможность лишь вести наблюдения за военными базами США на Дальнем Востоке. Что касается опыта прошлой войны, то он ограничивался захватом отдельных объектов, а также лиц, владевших важнейшей оперативной и стратегической информацией. Новые требования в условиях предполагаемой ядерной войны вызывали к жизни необходимость пересмотра всей нашей системы диверсионных операций. Я сказал, что мы нуждаемся не только в индивидуально подготовленных агентах, но также в мобильных ударных группах, которые могли бы быть задействованы всеми основными нелегальными резидентурами. В их задачу должно входить нападение на склады ядерного оружия или базы, где находятся самолеты с ядерным оружием. Наша тактика нападений хорошо срабатывала против немцев в 1941–1944 годах. Однако наши успехи объяснялись отчасти тем, что немцы действовали на враждебной им территории, а в нашем распоряжении была сильная агентурная сеть. Я указал также, что опыт Второй мировой и корейской войн показывает: нарушение линий снабжения противника, особенно когда они растянуты на большие расстояния, может оказаться в оперативном плане куда более важным, чем прямые удары по военным целям. Правда, при прямых ударах возникает паника в рядах противника, и внешне это весьма эффективно, но разрушение линий снабжения является более значительным, а воздействие его — долгосрочным. К тому же военные объекты находятся под усиленной охраной, и при нападении не приходится рассчитывать на выведение из строя более двух-трех сооружений.