Политические амбиции Л. П. Берии вызывали панический страх у его партийных «соратников» — бывших «верных сталинцев». Двадцать шестого июня 1953 года во время очередного заседания Президиума ЦК ВКП(б) Берия был арестован военными.

Крушение некогда всесильного министра бумерангом ударило и по Я. И. Серебрянскому, а вместе с ним — по многим другим специалистам тайной войны, которым по роду служебной деятельности вольно или невольно приходилось выполнять приказы Берии. Новый хозяин Кремля Н. С. Хрущев даже после ареста самого сильного из противников смертельно боялся его грозной тени и потому спешил избавиться от всех, кого считал людьми «хитрого мингрела». Началась очередная «партийная война», как всегда сопровождавшаяся чисткой. Двадцать первого августа 1953 года по ложному обвинению в причастности к «заговору Берии» были арестованы П. А. Судоплатов и Н. И. Эйтингон. Через три месяца после ареста Павла Анатольевича всех принятых им на службу бывших «врагов народа» снова уволили, а 8 октября Я. И. Серебрянский снова был арестован. Причем роковую роль в его судьбе сыграло ходатайство Судоплатова о восстановлении Серебрянского в ВКП(б) в 1941 году. Якова Исааковича обвинили в том, что он избежал высшей меры наказания в начале войны только благодаря заступничеству «изменника». А тому инкриминировались преступные связи с «врагами народа» — Серебрянским, Малли, Сосновским, Шпигельглазом и другими великими нелегалами!

Из воспоминаний Анатолия Яковлевича Серебрянского:

«Вечером 7 октября 1953 года я, как всегда, пожелал отцу и маме спокойной ночи. Я не мог предположить, что отца я больше никогда не увижу, а с мамой буду разлучен на долгие три года.

Днем 8 октября возвращаюсь из института. В прихожей меня встречает незнакомый человек в штатском. Дверь в кабинет отца, выходившая в прихожую, открыта. В ней слышатся звуки падающих на пол книг.

“Ваши родители арестованы. Заканчивается обыск”.

“За что?”

(Абсолютно нелепый вопрос.)

“Надо будет — вам объяснят”.

В голове пусто. Молча наблюдаю, как с полок снимают книги, бегло просматривают и бросают на пол.

Через некоторое время все уходят, опечатав в квартире две комнаты из трех».

В ходе следствия по уголовному делу, возбужденному в 1953 году против Я. И. Серебрянского, никаких доказательств его вины как участника «заговорщической деятельности Берии» не нашли. Однако и выпускать таких людей. как Серебрянский. Судоплатов и Эйтингон, партийная верхушка не собиралась. Профессионалы тайной войны, никогда не участвовавшие в борьбе партийных кланов за власть, тем не менее «слишком много» знали об участии Хрущева, Кагановича, Маленкова, Молотова и других «верных соратников Сталина» и — еще недавно — «друзей Берии» в политических репрессиях 1930-х годов. И тогда, следуя указаниям партийных инстанций, было реанимировано старое уголовное дело за номером Н-15222. «Служители Фемиды» вновь признали осуждение четы Серебрянских в 1941 году законным и обоснованным. Двуличие и подлость «политической изнанки» проявились в полном объеме!