Тем не менее наша контрразведка не всегда работала эффективно. Созданные японскими спецслужбами массовые агентурные позиции во время оккупации Дальнего Востока, а также агентура белоэмигрантских организаций, да и просто недовольных советской властью граждан, способствовали тому, что японская разведка довольно эффективно действовала против органов государственной безопасности СССР. Слабо была обеспечена экономическая безопасность Дальнего Востока. Процветало браконьерство японцев в советских территориальных водах. Велась разведывательно-подрывная деятельность на японских концессиях.

В это время японцы стали уделять большое внимание своим спецслужбам. Стремясь активизировать информационно-разведывательную деятельность, в августе 1940 г. была проведена реорганизация разведывательных органов и сделан акцент на совершенствование и развитие структур подразделений, проводивших подрывную работу против Советского Союза. Был увеличен кадровый состав японских военных миссий в Маньчжурии, Северной Корее и на Южном Сахалине.

Органы госбезопасности СССР прилагали большие усилия по получению разведывательной информации о проведенной ими реорганизации. Однако достаточно полных данных по этому вопросу не было получено вплоть до окончания Второй мировой войны. Структура японских разведывательных органов была уточнена только после окончания боевых действий на Дальнем Востоке в результате изучения трофейных документов и материалов допросов сотрудников и агентов японских спецслужб.

С началом Великой Отечественной войны японцы в надежде на успех гитлеровской доктрины «блицкрига» против Советского Союза максимально активизировали подрывную деятельность в отношении СССР. Основное внимание уделялось проведению разведывательно-подрывных акций, формированию новых диверсионно-разведывательных подразделений и групп, активизации сбора военной, экономической и политической информации. Япония была в преддверии начала войны, политическое руководство ждало падения Москвы, чтобы начать военные действия против нашей страны.

В это время система специальных служб Японии состояла из органов высшего руководства и координации, к которым относились созданные в 1937 г. Специальное исследовательское бюро при кабинете министров Японии и его военный филиал при императорской военной ставке – Главное разведывательное управление. Органом, объединявшим военную, политическую и экономическую разведки, стало 2-е управление ГШ японской императорской армии и 3-й отдел морского Генерального штаба.

В разведывательные органы ведомственного подчинения входили органы военной разведки и контрразведки, разведка министерства иностранных дел, министерства внутренних дел, министерств торговли и промышленности, железных дорог, колонизации и финансов. Кроме того, разведывательными органами использовались государственные и негосударственные учреждения и организации.