Организацией подрывной деятельности против Советского Союза непосредственно занимался 5-й (русский) отдел 2-го управления Генерального штаба японской армии, в состав которого входило шесть отделений. А также 7-й (русский) сектор 3-го отдела Морского Генерального штаба.

2-й отдел штаба Квантунской группировки войск осуществлял общее руководство деятельностью японских разведывательных органов в Маньчжурии, занимавшихся подрывной работой против Советского Союза. Руководил работой разведывательных подразделений (секторов) войсковых дивизий и отдельных воинских частей, подчиненных КГВ. Непосредственный контроль его деятельности осуществлял начальник штаба КГВ, информируя о состоянии оперативной работы русский отдел 2-го управления ГШ японской императорской армии.

ИРУ КГВ, созданное на базе главной ЯВМ в г. Харбине, в августе 1940 г. стало основным разведывательным органом Японии на континенте, который занимался организацией и проведением агентурной разведки против СССР. Ему подчинялись 12 периферийных ЯВМ, находившихся в различных городах Маньчжурии, на которые замыкались более 20 миссий и их отделений на местах. Организация периферийных ЯВМ, замыкавшихся непосредственно на ИРУ, в основном повторяла структурные звенья центрального органа.

В связи с победами Красной армии над фашистской Германией японская разведка внесла существенные коррективы в свою подрывную работу против Советского Союза. Предвидя затяжной характер войны, японские спецслужбы максимально ограничили проведение акций по непосредственному подрыву политического и военного потенциала СССР. Они продолжали решать задачи по сбору сведений о советских войсках, но активнее стали использовать легальные возможности в сборе сведений политико-экономического характера.

В период окончательного разгрома фашистской Германии японская разведка перешла к оборонительной тактике. Максимально снижалось проведение активных мероприятий против СССР, сокращалось количество агентов, забрасываемых на территорию Советского Союза. Происходило усиление политической разведки для получения сведений о позиции СССР в отношении Японии после окончания войны на Западе.

Предвидя поражение фашистской Германии, руководители японской разведки приняли решение о переподчинении периферийных ЯВМ штабам армий и фронтов, в районе действия которых они дислоцировались. Фактически эти миссии оказались в двойном подчинении, т. к. кроме штабов армий и фронтов, они поддерживали прямую связь с ИРУ. Проведение этих реорганизационных мероприятий объяснялось необходимостью быстрого получения разведывательной информации соответствующими штабами японских войск в Маньчжурии, чтобы оперативно ее использовать в оборонительных мероприятиях против возможного выступления Красной армии на Дальнем Востоке.