19 мая 1941 г. нарком государственной безопасности СССР В. Меркулов направил П. Гладкову указание о практических мерах по подготовке депортации «антисоветского элемента». Показательно, что Меркулов, памятуя об истории с несостоявшейся высылкой «контрреволюционного элемента» беженцев, не стал ставить конкретные сроки проведения операции: НКГБ Литвы предписывалось сообщить, в какой минимальный срок подготовки операции он сможет уложиться[849].

Ход дальнейшей подготовки и проведения депортации можно без труда проследить по опубликованным нами документам[850]. Эти документы свидетельствуют о том, что произвольного расширения подлежащих высылке категорий не происходило; общее число подлежащих депортации из Литвы постоянно уточнялось, однако никогда заметно не превышало 15 тысяч человек. Окончательное решение о масштабах и дате проведения депортации было принято в Москве 10 июня 1941 г[851].

Одновременно с подготовкой массовой операции по выселению органы НКГБ ЛССР продолжали работу по выявлению и ликвидации подпольных ячеек ЛАФ. Главной удачей советских контрразведчиков стал захват в начале июня 1941 г. полного текста мартовской инструкции ЛАФ «Указания по освобождению Литвы», а также ряда других важных документов националистического подполья[852]. Благодаря содержащейся в этих документах информации было вскрыто несколько подпольных центров ЛАФ, в том числе в Вильнюсе и в литовском территориальном корпусе РККА. Их ликвидация по времени совпала с депортацией 14 июня 1941 г.[853], однако это была отдельная репрессивная акция, целью которой было не желание уничтожить военную элиту, как утверждают некоторые литовские историки, а вполне обоснованное стремление предотвратить измену во время приближающейся войны. В какой-то степени это действительно удалось. «Действовавшие в подполье организаторы восстания в Вильнюсе понесли тяжелые потери. Накануне НКВД арестовало ключевых командиров и около 300 офицеров. Стало невозможным осуществить первоначальный план — объявить, как предполагалось, независимость в Вильнюсе», — вспоминал о тех событиях один из видных участников националистического подполья ЛАФ В. Дамбрава[854].

Гораздо меньший вклад в пресечение деятельности подполья ЛАФ внесла июньская депортация 1941 г. В какой-то степени эта репрессивная операция действительно ударила по связанному с нацистскими разведслужбами подполью — впоследствии лидеры ЛАФ признавали, что «14 и 15 июня очень много активистов было увезено большевиками»[855]. Однако основными жертвами депортации стали люди, непричастные к ЛАФ, в том числе женщины и дети.