Уже неделю спустя поле депортации, сразу же после нападения Германии на Советский Союз, формирования ЛАФ развернули борьбу в тылу советских войск. Стремительное наступление немецкой армии позволило ЛАФ приступить к реализации своих планов, включавших не только «возрождение» литовской государственности под протекторатом нацистской Германии, но и массовое преследование «враждебных» категорий населения, в первую очередь — евреев. Начавшись как самостоятельное предприятие, эти убийства впоследствии продолжились во взаимодействии с айн-зацгруппой «А»[856]. Решением «Временного правительства Литвы» под руководством Ю. Амбразявичюса был создан первый на оккупированной нацистами территории СССР концлагерь для евреев[857], а вклад литовских «национальных партизан» в холокост был высоко оценен штандартенфюрером СС К. Егером[858]. Опубликованные инструктивные и агитационные документы Фронта литовских активистов показывают, что преследование евреев было акцией, спланированной ЛАФ задолго до июньской депортации. Это была не реакция на жестокость советских репрессий — это было заранее спланированное преступление.

Таким образом, привлечение новых документов позволяет существенно скорректировать картину советских репрессий «первого года» в Литве. Восприятие органов госбезопасности ЛССР как высокоэффективной машины террора, в соответствии с заранее разработанными планами проводящей репрессии против населения республики, оказывается ошибочным. Вместо этого мы видим отсутствие рабочей дисциплины, серьезные недостатки в оперативной и следственной деятельности, систематические проблемы со штатным составом. Все это в конечном итоге не позволило органам госбезопасности обычными оперативно-следственными методами справиться с вызовами, брошенными ЛАФ и немецкой разведкой. И тогда вместо операционного скальпеля в ход пошла дубина — жестокая массовая депортация, так, впрочем, и не решившая проблем, связанных с подрывной деятельностью пронацистского подполья.

Затронувшая огромное количество невинных людей депортация июня 1941 г. задает восприятие всей репрессивной деятельности «первого года» советской власти в Литве, также рассматривающейся как массовая и необоснованная. Однако вплоть до конца мая 1941 г. советские репрессии в Литве невозможно назвать поражающими воображение. По данным литовских историков, в период с августа 1940-го по май 1941 г. арестам в республике было подвергнуто не более 4 тысяч человек[859], причем в это число входили преследуемые не только по политическим, но и по уголовным мотивам. Не вызывает сомнения, что среди репрессированных в августе 1940 — мае 1941 г. были невинные люди, преследовавшиеся исключительно из-за своего «неправильного» социального происхождения и несправедливо обвиненные. Однако сравнение общей численности арестованных с данными публикуемых спецсообщений по конкретным делам дает основание говорить о том, что значительная часть репрессий все-таки носила «прицельный» характер и была направлена против людей, осуществлявших реальную антигосударственную деятельность в отношении СССР и ЛССР.