За апрель — начало мая 1941 г. органам НКГБ удалось выявить и ликвидировать ряд связанных с ЛАФ подпольных организаций[831]. Однако вскрыть всю сеть националистического подполья не удавалось: инструкции ЛАФ предусматривали создание хорошо разветвленной и децентрализованной системы подпольных организаций, малоуязвимой для советской контрразведки. А вот в органах НКВД, как выяснилось, творились странные вещи: табельное оружие было практически бесхозным, и дело дошло даже до кражи 500 гранат из Вильнюсского управления милиции[832] . В начале мая была зафиксирована интенсификация деятельности германской разведки[833] одновременно органами НКГБ был захвачен новый инструктивный документ подполья, содержащий план диверсионной деятельности на территории ЛССР (по всей видимости, это был какой-то извод инструкции «Указания по освобождению Литвы»)[834].

В короткие сроки справиться с подпольем ЛАФ обычными оперативными мерами не получалось — а меж тем имеющаяся информация свидетельствовала о приближении войны с Германией. И тогда гордиев узел решили разрубить.

12 мая 1941 г. НКГБ Литвы выступил с принципиально новым предложением — не ограничиваться изъятием контрреволюционных элементов из числа беженцев и провести большую депортацию нелояльных из республики.

«На основании имеющихся материалов отмечается, что за последние два-три месяца в республике значительно растет активная враждебная деятельность контрреволюционного элемента.

Этому способствует непосредственная близость границы и подрывная деятельность германских разведывательных органов, которые ведут большую работу через так называемый “литовский комитет”, существующий в Германии и через литовские эмиграционные круги, значительная часть коих, бежав из Литвы, осела в Восточной Пруссии.

Из уездных отделов НКГБ поступают сведения, что антисоветский элемент развернул активную враждебную деятельность, направленную на срыв хлебопоставок.