Сталина Шапошников боялся, боялся смертельно, до мокроты в штанах, до нервных приступов, хотя вождь неоднократно демонстрировал ему свое расположение, высшим из которых было то, что из всех родственников маршала был посажен (но не расстрелян!) только брат его жены. Подобная милость вождя была следствием не столько военных способностей Шапошникова, сколько одной скандальной истории, происшедшей еще в двенадцатых годах.
Как известно, институт «военспецов» находился под высочайшим покровительством «демона революции» и создателя Красной Армии — Троцкого, который, отдавая должное военному таланту Шапошникова и полному отсутствию у него каких-либо политических убеждений, всячески продвигал профессионала по скользкой от крови и грязи лестницы новой военной иерархии. Внезапно, в разгар советско-польской войны, в бывшем царском полковнике возродился священный дух русского национализма. Забыв, что война ведется под знаменем интернациональной помощи братскому народу Польши в борьбе против польской и международной буржуазии, Шапошников в журнале «Военное дело» опубликовал статью, где обрушился на поляков, как на нацию гнусную и преступную, не имеющую никакого права на существование. Между строк статьи огнем дышал священный призыв к красноармейцам перерезать всех поляков до последнего человека.
Интернационалист Троцкий пришел в ярость. Чуть было лично не пришлепнув Шапошникова, как некогда адмирала Щастного, Троцкий выгнал Шапошникова вон, закрыв и разогнав заодно и журнал «Военное дело», обвинив его в шовинизме и скрытом монархизме. Это и определило судьбу Шапошникова. Как жертву троцкизма, его пригрел Иосиф Виссарионович и даже присвоил ему звание маршала как раз тогда, когда в Мексике по приказу вождя был убит Троцкий.
Подобная жизнь источила интеллигентно-дворянскую нервную систему Шапошникова. В отличие от своих каменно-дубовых коллег из кавалерийских университетов вроде Будённого, Тимошенко, Жукова, которые едва владея грамотой, нервы имели тем не менее железные, крестьянские: «убьют — так убьют, а не убьют — так слава Богу», Шапошников всё происходящее переживал скрытно, но очень остро. К 1941 году он уже был очень больным человеком, уверенно идя к могиле, куда и сошел менее чем через четыре года. По ночам его мучили кошмары: он-то знал, как казнили Тухачевского, Якира, Уборевича и других. Это только в газетах написали, что они были расстреляны, а на самом деле... Глаза сами закрывались, и не хотелось жить, думая об этом, и страх, страшный страх подкатывался к горлу, отдавался молотом в висках и покрывал лоб холодной испариной. Каждый вызов к Сталину стоил столько, что маршал сам удивлялся, как он еще живет в этом змеином клубке интриг, доносов и провокаций. Но приходилось не только жить, но и работать...