Была отменена система «кормлений» и введена система выборных земских властей. С 1555 года тяглые посадские люди и черносошные крестьяне стали выбирать земских старост («излюбленный голова»); отдельно избирались земские старосты в городах.

Предметом постоянного внимания и забот царя Ивана было развитие и совершенствование системы государственного управления – при нём было образовано много новых ведомств-приказов и расширены старые: Приказ Большого дворца, Большой Приход, Стрелецкий, Пушкарский, Холопий, Посольский приказы и т. д. Существенным нововведением стало образование Челобитного приказа во главе с А.Ф. Адашевым.

Главное же – в 1550 году началась военная реформа. Из «нетяглых» людей были сформированы первые шесть полков регулярного войска – стрельцов. Вначале их было 3000 человек, к концу царствования Ивана IV – уже 12000 человек… Большое значение Иван придавал артиллерии, численность крупных орудий в его войске поднялась до 200 (называется суммарная цифра в 2000), причём Иван впервые образовал и полковую артиллерию пехотных полков. На Западе последнее новшество было введено существенно позднее.

При Иване же в русской артиллерии были ведены первые стандарты калибров пушек. В эпоху Ивана Грозного начиналась деятельность выдающегося пушечного мастера Андрея Чохова, отлившего не менее 20 тяжёлых орудий, в том числе: «Лисица» (1575), «Волк» (1576), «Инрог» (т. е. единорог, 1577) и т. д. Уже после смерти Грозного – в 1586 году, Чоховым была отлита «Царь-пушка». Причём это было не декоративное произведение – по крайней мере один раз из «Царь-пушки», которая была на самом деле не пушкой, а бомбардой, стреляли.

Указом 1550 года устанавливался новый порядок назначения на командные должности, и предпочтение отдавалось способностям и личным заслугам, а не знатности. Местничество (то есть, выяснение, кто родовитее и выше «местом») не было отменено тогда окончательно, однако позволялось лишь на уровне воевод. Это меняло весь психологический фон командной деятельности, где раньше боярское местничество нередко вело к поражениям просто потому, что команды не исполнялись.

В том же 1550 году на крутом берегу Свияги напротив Казани была поставлена русская крепость Свияжск. Казанский хан тут же вернул в Россию 60000 (!) русских полонянников…

В феврале 1551 года митрополит Макарий созвал отдельный церковный собор, получивший название «Стоглавого»… Он был назван так потому, что его решениями в ста главах были оформлены ответы на сто вопросов, сформулированных при личном участии царя.