В декабре 1919 г. махновская армия была дезорганизована эпидемией тифа, затем заболел и Махно. 6 января 1920 г. командарм И. Уборевич приказал Махно выдвигаться на польский фронт. Не дожидаясь ответа, советский Всеукраинский ревком 9 января 1920 г. объявил Махно вне закона. 22 января Махно заявил о готовности «идти рука об руку» с РККА, сохраняя самостоятельность. В это время более двух дивизий красных атаковали, разоружали и частично расстреливали махновцев, в том числе — больных. Махно на время болезни перешел на нелегальное положение.

После выздоровления Махно в феврале 1920 г. махновцы возобновили боевые действия против красных. Зимой-весной развернулась изнурительная партизанская война, махновцы нападали на небольшие отряды, работников большевистского аппарата, склады, раздавая крестьянам запасы хлеба. В районе действий Махно большевики были вынуждены уйти в подполье, и открыто выступали только в сопровождении крупных воинских частей. В мае 1920 г. был создан Совет революционных повстанцев Украины (махновцев) во главе с Махно. Название СРПУ подчеркивало, что речь идет не об обычном для гражданской войны РВС, а о «кочующем» органе власти махновской республики. В марте-мае 1920 г. отряды под командованием Махно сражались с частями 1-й конной армии, ВОХР и др. силами РККА. Летом 1920 г. армия под общим командованием Махно насчитывала более 10 тысяч бойцов.

На Украине возвращение продразверстки и введение комитетов незаможних селян (то есть комбедов) способствовали росту численности повстанцев. Не прекращающаяся повстанческая борьба делала очень условным состояние «мирной передышки» на территории Украины.

Росло недовольство коммунистами и среди рабочих — весной выросло представительство меньшевиков в Советах, на рабочей конференции в Киеве в феврале 1920 г. прошла меньшевистская резолюция.

Началось восстановление предприятий Донбасса, разоренных войной, восстановление железнодорожной сети. На Украине была создана трудовая армия в 30 тысяч человек. Эта милитаризация труда остро критиковалась даже частью делегатов IV конференции КП(б)У в марте 1920 г. Впрочем, в ноябре 1920 г. V конференцию КП(б)У качнуло в другую сторон)', и она выступила за коллективизацию сельского хозяйства.

Были предприняты шаги по ликвидации многопартийности на территории Украины. Весной 1920 г. развернулись репрессии против эсеров, левых эсеров и меньшевиков. 20–23 марта над последними был проведен судебный процесс. Меньшевиков осудили за сотрудничество с деникинцами (ведь при белых они продолжали легальную профсоюзную работу и входили в сношения с администрацией белых). Украинские эсеры, несмотря на преследования, продолжали действовать легально до 1921 г. В марте 1920 г. конференция Украинской коммунистической партии (боротьбистов), образовавшейся в августе 1919 г. в результате слияния боротьбистов и независимых левых социал-демократов, приняла решение о самороспуске и вхождении своих членов в КП(б)У. Это была существенная прибавка, ведь в 1919 г. в рядах бо-ротьбистов было около 15 тыс. человек, из которых 4 тыс. вступили в КП(б)У. Правда, большинство из них к 1923 г. из КП(б)У вычистили. Подобное боротьбистскому решение в июле принял съезд борьбистов (их меньшинство продолжило самостоятельное существование как ПЛСР (синдикалистов)). Приток национал-коммунистов в КП(б)У оказался как нельзя кстати — начиналась советская украинизация.