Даже на «потешных» маневрах, которыми в ту пору развлекался Петр, у Лефорта мало что получалось. Во время Кожуховского похода 1694 года, когда полки европейского строя осаждали фортецию, занятую стрельцами, Лефорт, напившись пьян, затеял незапланированный штурм и чуть не погиб, когда ему в голову попала глиняная «бомба».
Примерно так же воевал он и на настоящей войне – в первой Азовской кампании. Сама идея нападения на Турцию (недальновидная и бесплодная, как покажут дальнейшие события), по мнению С. Соловьева, исходила от Лефорта. В 1695 году Франц Яковлевич командовал одним из четырех осадных корпусов и так неудачно расположил свои части, что они понесли наибольшие потери. Как и под Кожуховым, Лефорт все время рвался штурмовать крепость, дважды уговорил царя – и оба раза это ни к чему кроме больших потерь не привело.
Франц Лефорт. Портрет написан в 1698 году во время Великого посольства.
Во втором походе, в 1696 году, адмирал Лефорт командовал речным флотом. Он построил себе какой-то особенный корабль «со светлицей и с мыльней», на котором и просидел вплоть до турецкой капитуляции, ничем не отличившись, однако во время победного въезда в столицу был осыпан почестями, будто главный триумфатор.
Никакие оплошности не могли подорвать веры Петра в лефортовские таланты. Когда после Азовской виктории царь засобирался с Великим посольством в Европу, создавать антитурецкую коалицию, Франц Лефорт был назначен главой этого монументального предприятия. Не вызывает сомнений, что и сам замысел беспрецедентного путешествия тоже принадлежал фавориту.
Как известно, с дипломатической точки зрения, то есть именно в той части, за которую отвечал Лефорт, посольство завершилось полной неудачей. Ни с Голландией, ни с австрийским императором послы ни о чем не договорились, но и это фиаско не омрачило отношений между царем и его другом. Когда из России приходит тревожное известие о стрелецком бунте и Петр спешит домой с несколькими спутниками, средь них, конечно, и Лефорт, хотя ему по должности первого посла следовало бы оставаться в Вене для переговоров.
Незыблемость лефортовского положения при дворе, по-видимому, объясняется двумя факторами. Во-первых, характером Петра, который мало кого любил, но, если уж привязывался, то прочно и надолго, прощая предмету своей привязанности всё кроме предательства. А во-вторых, Франц Лефорт, судя по свидетельствам современников, действительно являлся личностью симпатичной и безусловно был искренне предан Петру, подчас отстаивая его интересы даже с риском для себя. Несколько раз, во время знаменитых приступов петровской ярости, женевец кидался спасать приближенных, которых царь в ослеплении был готов убить на месте. Каждый раз доставалось самому Лефорту, потому что во время припадка Петр бил не разбирая.