В 1707 году он сделан адмиралом. Теперь Федору Матвеевичу приходится много воевать. В качестве военачальника (правда, армейского) он оказывается совсем неплох. В самое тяжелое для России время, в 1708 году, когда центр войны переместился в Белоруссию, шведы предприняли отвлекающий маневр: корпус финляндского губернатора Либекера нанес удар по Петербургу. Король Карл знал, как дорого Петру это его детище, и расчет строился на том, что царь перебросит на север часть своих сил. Русскими войсками на этом театре военных действий командовал Апраксин. Несмотря на преимущество в численности, он долго избегал сражения, изматывая шведов мелкими стычками. Оставшись без провианта, Либекер был вынужден отступать. Тут Апраксин наконец ударил по ослабевшему противнику и изрядно его потрепал. Петербург был спасен.

В 1709 году Федор Матвеевич получил чин генерал-адмирала и титул графа – не австрийского, а российского, что тогда котировалось выше. Графское достоинство в это время вообще ценилось гораздо больше, чем княжеское, потому что князей на Руси были сотни, в том числе множество захудалых, а графов – единицы, и каждый находился в особой милости у государя.

Еще раз Апраксин отличился в 1710 году при взятии Выборга, где генерал-адмирал номинально командовал осадным корпусом, хотя все решения принимал лично Петр. Тем не менее после капитуляции крепости Федор Матвеевич получил орден Андрея Первозванного, еще один знак принадлежности к самому высшему разряду государственных людей.

Управляя военными силами по всему побережью Финского залива, Апраксин продолжал строить корабли (в основном гребные, которыми русские пока управляли лучше, чем парусниками) и в 1712–1713 году занял почти всю Финляндию, совмещая сухопутные и морские операции, но сражаясь с шведами только на суше.

К этому времени Федор Матвеевич занимался флотскими делами уже двадцать лет, но еще не побывал ни в одном морском бою, заслужив обидное прозвище «сухопутного адмирала». Он действительно был скорее администратором, чем флотоводцем. В 1714 году при Гангуте эскадра под общим командованием Апраксина, правда, одержала победу над шведским флотом, но тоже на «сухопутный манер» – абордажем и штыками. С этого времени генерал-адмирал начинает водить корабли в морские походы по Балтике, плавает к шведским берегам, высаживает десанты на острове Готланд и близ Стокгольма, но Гангут так и останется его единственной морской победой.

На Апраксина все время сыплются новые чины. С 1718 года он – президент Адмиралтейской коллегии плюс к тому Ревельский губернатор, затем еще и командующий Балтийским (собственно, единственным тогда) флотом. Во время Персидского похода 1722 года Федор Матвеевич руководит и морскими операциями на Каспии, но там сражаться было не с кем, и флот занимался лишь транспортировкой войск и провианта.